当前位置: 首页 > news >正文

R语言绘制热图

1、初步绘图

rm(list=ls())#clear Global Environment
setwd('D:/Desktop/0000/code-main/热图')#设置工作路径#加载R包
library (pheatmap)
#读取数据
df <- read.table(file="data.txt",sep="\t",row.names = 1, header=T,check.names=FALSE)
#查看前3行
head(df)[1:5,]
####Z-score转换以保留数据的真实差异
df1 <-df[apply(df,1,var)!=0,]  ##去掉方差为0的行,也就是值全都一致的行
df_zscore <-as.data.frame(t(apply(df1,1,scale)))#标准化数据,获得Z-score
colnames(df_zscore)<- colnames(df)
###初步绘图
pheatmap(df_zscore,angle_col = "45", cellwidth=25, cellheight=8, treeheight_col = 15,filename = "heatmap.png")

2、设置颜色

rm(list=ls())#clear Global Environment
setwd('D:/Desktop/0000/code-main/热图')#设置工作路径#加载R包
library (pheatmap)
#读取数据
df <- read.table(file="data.txt",sep="\t",row.names = 1, header=T,check.names=FALSE)
#查看前3行
head(df)[1:5,]
####Z-score转换以保留数据的真实差异
df1 <-df[apply(df,1,var)!=0,]  ##去掉方差为0的行,也就是值全都一致的行
df_zscore <-as.data.frame(t(apply(df1,1,scale)))#标准化数据,获得Z-score
colnames(df_zscore)<- colnames(df)
#设置颜色
pheatmap(df_zscore,angle_col = "45", cellwidth=25, cellheight=8, treeheight_col = 15,color=colorRampPalette(c("#3952a2","black","#f5ea14"))(100),filename = "heatmap.png")

3、添加行注释信息

rm(list=ls())#clear Global Environment
setwd('D:/Desktop/0000/code-main/热图')#设置工作路径#加载R包
library (pheatmap)
#读取数据
df <- read.table(file="data.txt",sep="\t",row.names = 1, header=T,check.names=FALSE)
#查看前3行
head(df)[1:5,]
####Z-score转换以保留数据的真实差异
df1 <-df[apply(df,1,var)!=0,]  ##去掉方差为0的行,也就是值全都一致的行
df_zscore <-as.data.frame(t(apply(df1,1,scale)))#标准化数据,获得Z-score
colnames(df_zscore)<- colnames(df)#添加行注释信息
annotation_col<- data.frame( "Treatment" = c("Saline","Saline","Saline","Cocaine","Saline","LSD","LSD","LSD","LSD","Saline","Saline","Saline","MDMA","MDMA","MDMA","Ketamine","Ketamine","Ketamine","Ketamine","Ketamine"),"Batch" = c("1","1","1","1","2","1","2","3","2","1","2","2","2","1","2","1","3","3","3","3"),"Post_treatment" = c("48 h","2 wk","2 wk","48 h","48 h","48 h","2 wk","48 h","48 h","2 wk","48 h","2 wk","2 wk","2 wk","2 wk","2 wk","48 h","48 h","48 h","48 h"),"Critical_period" = c("Closed","Closed","Closed","Closed","Closed","Closed","Closed","Closed","Closed","Open","Open","Open","Open","Open","Open","Open","Open","Open","Open","Open"))#行注释矩阵
rownames(annotation_col) = colnames(df_zscore)
colors  <-  list("Treatment" = c(Saline = "#000000", Cocaine = "#575757",LSD = "#e79600",MDMA="#a42422",Ketamine="#c53a8e"), "Batch" = c( "1"= "#3953a3", "2" = "#ef4a4a", "3" = "#009848"),"Post_treatment" = c("48 h"="#64838c","2 wk"="#2c3a3e"),"Critical_period" = c(Closed="#94c83d",Open="#4e2469"))
pheatmap(df_zscore,angle_col = "45", cellwidth=25, cellheight=8, treeheight_col = 15,color=colorRampPalette(c("#3952a2","black","#f5ea14"))(100),annotation_col = annotation_col,annotation_colors = colors,show_colnames = F,filename = "heatmap.png")

4、美化(通过调节细节参数以及结合AI进行美化)

rm(list=ls())#clear Global Environment
setwd('D:/Desktop/0000/code-main/热图')#设置工作路径#加载R包
library (pheatmap)
#读取数据
df <- read.table(file="data.txt",sep="\t",row.names = 1, header=T,check.names=FALSE)
#查看前3行
head(df)[1:5,]
####Z-score转换以保留数据的真实差异
df1 <-df[apply(df,1,var)!=0,]  ##去掉方差为0的行,也就是值全都一致的行
df_zscore <-as.data.frame(t(apply(df1,1,scale)))#标准化数据,获得Z-score
colnames(df_zscore)<- colnames(df)#添加行注释信息
annotation_col<- data.frame( "Treatment" = c("Saline","Saline","Saline","Cocaine","Saline","LSD","LSD","LSD","LSD","Saline","Saline","Saline","MDMA","MDMA","MDMA","Ketamine","Ketamine","Ketamine","Ketamine","Ketamine"),"Batch" = c("1","1","1","1","2","1","2","3","2","1","2","2","2","1","2","1","3","3","3","3"),"Post_treatment" = c("48 h","2 wk","2 wk","48 h","48 h","48 h","2 wk","48 h","48 h","2 wk","48 h","2 wk","2 wk","2 wk","2 wk","2 wk","48 h","48 h","48 h","48 h"),"Critical_period" = c("Closed","Closed","Closed","Closed","Closed","Closed","Closed","Closed","Closed","Open","Open","Open","Open","Open","Open","Open","Open","Open","Open","Open"))#行注释矩阵
rownames(annotation_col) = colnames(df_zscore)
colors  <-  list("Treatment" = c(Saline = "#000000", Cocaine = "#575757",LSD = "#e79600",MDMA="#a42422",Ketamine="#c53a8e"), "Batch" = c( "1"= "#3953a3", "2" = "#ef4a4a", "3" = "#009848"),"Post_treatment" = c("48 h"="#64838c","2 wk"="#2c3a3e"),"Critical_period" = c(Closed="#94c83d",Open="#4e2469"))
###美化
pheatmap(df_zscore,angle_col = "45", cellwidth=25, cellheight=8, treeheight_col = 15,color=colorRampPalette(c("#3952a2","black","#f5ea14"))(100),annotation_col = annotation_col,annotation_colors = colors,show_colnames = F,fontsize_row=9, fontsize=12,labels_row = as.expression(lapply(rownames(df_zscore),function(x) bquote(italic(.(x))))),#行名斜体filename = "heatmap.png")

5、数据

热图.zip - 蓝奏云

相关文章:

R语言绘制热图

1、初步绘图 rm(listls())#clear Global Environment setwd(D:/Desktop/0000/code-main/热图)#设置工作路径#加载R包 library (pheatmap) #读取数据 df <- read.table(file"data.txt",sep"\t",row.names 1, headerT,check.namesFALSE) #查看前3行 hea…...

jmeter线程组 bzm - Concurrency Thread Group 阶梯式压测

简介 bzm - Concurrency Thread Group 不是JMeter的官方插件&#xff0c;而是一种由Blazemeter提供的高级线程组插件&#xff0c;它提供了更灵活的并发性能测试设置。它可以在不同的时间内并发执行不同数量的线程&#xff0c;模拟不同的负载场景。 插件下载地址&#xff08;jme…...

计算即时订单比例-首单使用开窗函数row_number()

1 需求 即时订单和计划订单 订单配送中&#xff0c;如果期望配送日期和下单日期相同&#xff0c;称为即时订单&#xff0c;如果期望配送日期和下单日期不同&#xff0c;称为计划订单。 请从配送信息表&#xff08;delivery_info&#xff09;中求出每个用户的首单&#xff08;用…...

flink集群与资源@k8s源码分析-集群

0 介绍 本文是flink集群与资源@k8s源码分析系列的第二篇-集群 1 场景 下面详细分析各用例 2 启动k8s集群 k8s集群支持session和application模式,job模式将会被废弃,本文分析session模式集群 Configuration作为配置容器,几乎所有的构建需要从配置类获取配置项,这里不显示…...

商城开发:商城系统的哪些功能值得企业去关注?

电子商务行业的快速发展&#xff0c;企业们越来越重视建设自己的在线商城。选择一个功能强大的商城系统对于企业的成功至关重要。那么&#xff0c;有哪些商城系统的功能值得企业去关注呢&#xff1f; 一、用户体验提升 ①. 响应式设计 移动设备的普及&#xff0c;大部分用户通…...

calibre和cpolar搭建一个私有的网络书库

Kindle中国电子书店停运不要慌&#xff0c;十分钟搭建自己的在线书库随时随地看小说&#xff01; 文章目录 Kindle中国电子书店停运不要慌&#xff0c;十分钟搭建自己的在线书库随时随地看小说&#xff01;1.网络书库软件下载安装2.网络书库服务器设置3.内网穿透工具设置4.公网…...

c++ nlohmann::json 中文支持

c nlohmann::json 是当前排名第一人库&#xff0c;但是在解析中文时会有问题 std::string to_utf8(std::wstring& wide_string) {static std::wstring_convert<std::codecvt_utf8<wchar_t>> utf8_conv;return utf8_conv.to_bytes(wide_string); }void test_nl…...

vue3 | defineExpose的使用

简介 使用<script setup>的组件是默认关闭的————即通过模板引用或者$parent链获取到的组件的公开实例&#xff0c;不会暴露在任何在<script setup>中声明的绑定 换句话说&#xff0c;如果一个子组件使用的是选项式 API 或没有使用 <script setup>&…...

PaddleSeg学习3——使用PP-LiteSeg模型对道路进行分割

使用PP-LiteSeg模型对道路进行分割 1 准备环境2 样本3 准备config文件4 模型训练5 模型预测5.1 python预测5.2 C++预测5.3 预测结果展示1 准备环境 参考上一篇:Windows PaddleSeg c++部署 2 样本 车道线分割实战的智能车数据集 #标签 背景:0, 0.05 单实线-黄...

时序数据库的关键技术点总结

总结时序数据库的关键技术点 内存 SQL解析LSM Tree&#xff08;WAL&#xff09;skiplist内存合并&#xff0c;有序落盘LRU 时序文件索引缓存 存储层 时间分区设备分区 索引文件 时间戳范围索引布隆过滤器索引brin 索引btree 索引多层索引 数据文件&#xff08;tskv&#xf…...

【ROS】机器人使用Nomachine进行远程控制

官网&#xff1a;NoMachine - Free Remote Desktop for Everybody 支持的系统&#xff1a; WindowsMacLinux 树莓派其他ARM板IOSAndroid 由于网速问题&#xff0c;可以使用我下载好的&#xff1a;&#xff08;8.8.1_1&#xff09; 链接&#xff1a;https://pan.baidu.com/s/…...

Jmeter系列-定时器Timers的基本介绍(11)

简介 JMeter中的定时器&#xff08;Timer&#xff09;是一种重要的元件&#xff0c;用于模拟用户在不同时间间隔内发送请求的场景。通过使用定时器&#xff0c;可以模拟负载、并发和容量等不同情况下的请求发送频率。 使用定时器 可以在取样器下添加定时器&#xff0c;这样定…...

【华为OD机试python】求满足条件的最长子串的长度【2023 B卷|100分】

【华为OD机试】-真题 !!点这里!! 【华为OD机试】真题考点分类 !!点这里 !! 题目描述 给定一个字符串,只包含字母和数字,按要求找出字符串中的最长(连续)子串的长度, 字符串本身是其最长的子串,子串要求: 1、 只包含1个字母(a~z, A~Z),其余必须是数字; 2、 字母可以…...

iOS技术博主指南:填写苹果应用上架中的隐私政策信息

摘要&#xff1a;本文将详细介绍iOS技术博主在苹果应用上架过程中如何填写隐私政策信息。博主可以通过App Store Connect为应用程序提供隐私政策网址和用户隐私选项网址&#xff0c;并了解如何填写隐私政策文本。本文将提供步骤和注意事项&#xff0c;帮助博主顺利完成隐私政策…...

Spring事件机制之ApplicationEvent

博主介绍&#xff1a;✌全网粉丝4W&#xff0c;全栈开发工程师&#xff0c;从事多年软件开发&#xff0c;在大厂呆过。持有软件中级、六级等证书。可提供微服务项目搭建与毕业项目实战&#xff0c;博主也曾写过优秀论文&#xff0c;查重率极低&#xff0c;在这方面有丰富的经验…...

【操作系统笔记】内存寻址

物理寻址 主存&#xff08;内存&#xff09; 计算机主存也可以称为物理内存&#xff0c;内存可以看成由若干个连续字节大小的单元组成的数组每个字节都有一个唯一的物理地址&#xff08;Physical Address&#xff09;CPU访问内存前&#xff0c;先拿到内存地址&#xff0c;然后…...

webpack自定义loader解析指定后缀名文件

案例&#xff1a; webpack自定义loader解析.chenjiang后缀名的文件 整体目录&#xff1a; chenjiangLoader.js文件代码 // 正则匹配script标签中的内容 const REG /<script>([\s\S]*)<\/script>/;module.exports function (source) {const __source source.…...

基于Kintex UltraScale系列FPGA KU060/KU115高性能PCIe数据预处理载板(5GByte/s带宽)

PCIE702是一款基于PCIE总线架构的高性能数据预处理FMC载板&#xff0c;板卡具有1个FMC&#xff08;HPC&#xff09;接口&#xff0c;1路PCIe x8主机接口、1个RJ45千兆以太网口、2个QSFP 40G光纤接口。板卡采用Xilinx的高性能Kintex UltraScale系列FPGA作为实时处理器&#xff0…...

Cesium 地球(2)-瓦片创建

Cesium 地球(2)-瓦片创建 QuadtreePrimitive代码执行4个步骤: step1: update()step2: beginFrame()step3: render()step4: endFrame() 但并不是瓦片的创建步骤。 1、创建 QuadtreeTile 基于 step3: render() step3: render()┖ selectTilesForRendering()在 selectTilesFo…...

Selenium-介绍下其他骚操作

Chrome DevTools 简介 Chrome DevTools 是一组直接内置在基于 Chromium 的浏览器&#xff08;如 Chrome、Opera 和 Microsoft Edge&#xff09;中的工具&#xff0c;用于帮助开发人员调试和研究网站。 借助 Chrome DevTools&#xff0c;开发人员可以更深入地访问网站&#xf…...

【C++从0到王者】第三十一站:map与set

文章目录 一、关联式容器二、pair键值对三、set1. set的介绍2. set的部分接口以及应用3. count4. lower_bound和upper_bound5. equal_range6. multiset容器 四、map1. map的介绍2. map的一些常见接口以及使用3. map的[]运算符重载4. 使用map改进一些题5. multimap容器 五、map和…...

生产消费者模型的介绍以及其的模拟实现

目录 生产者消费者模型的概念 生产者消费者模型的特点 基于阻塞队列BlockingQueue的生产者消费者模型 对基于阻塞队列BlockingQueue的生产者消费者模型的模拟实现 ConProd.c文件的整体代码 BlockQueue.h文件的整体代码 对【基于阻塞队列BlockingQueue的生产者消费者模型…...

Unity ML-Agents默认接口参数含义

下面的含义就是训练中常用的yaml文件&#xff1a; behaviors:waffle:trainer_type: ppo #训练器类型&#xff0c;默认ppo。还有sac和pocahyperparameters:batch_size: 64 # 梯度下降每次迭代的经验数。应确保该值总是比 buffer_size小几倍。 在使用连续动作的情况下&#x…...

【python数据分析基础】—pandas中loc()与iloc()的介绍与区别

文章目录 前言一、loc[]函数二、iloc[]函数三、详细用法loc方法iloc方法 总结共同点不同点 前言 我们经常在寻找数据的某行或者某列的时常用到Pandas中的两种方法iloc和loc&#xff0c;两种方法都接收两个参数&#xff0c;第一个参数是行的范围&#xff0c;第二个参数是列的范…...

ad18学习笔记十一:显示和隐藏网络、铺铜

如何显示和隐藏网络&#xff1f; Altium Designer--如何快速查看PCB网络布线_ad原理图查看某一网络的走线_辉_0527的博客-CSDN博客 AD19(Altium Designer)如何显示和隐藏网络 如何显示和隐藏铺铜&#xff1f; Altium Designer 20在PCB中显示或隐藏每层铺铜-百度经验 AD打开与…...

全国职业技能大赛云计算--高职组赛题卷④(私有云)

全国职业技能大赛云计算--高职组赛题卷④&#xff08;私有云&#xff09; 第一场次题目&#xff1a;OpenStack平台部署与运维任务1 基础运维任务&#xff08;5分&#xff09;任务3 OpenStack云平台运维&#xff08;15分&#xff09;任务4 OpenStack云平台运维开发&#xff08;1…...

Camera Tunning ISP 模块面试总结

一.ISP的调试流程概述&#xff1a; 在ISP调试流程中&#xff0c;我们首先需要确认以下三个方面&#xff1a;项目需求、硬件问题确认和Sensor驱动配置确认。 项目需求方面&#xff0c;即Sensor需要出多大的分辨率去调效果&#xff1b;因为有些芯片有最大分辨率支持的限制&#x…...

AOSP源码中Android.mk文件中的反斜杠符号(\)的作用和使用

简介 在AOSP&#xff08;Android Open Source Project&#xff09;源码中的Android.mk文件中&#xff0c;反斜杠符号&#xff08;\&#xff09;的主要作用是将一行代码拆分成多行&#xff0c;以提高可读性并帮助组织较长的代码块。这对于定义复杂的构建规则和变量时特别有用。…...

如何查看mysql的存储引擎

要查看MySQL中的存储引擎&#xff0c;可以使用以下两种方法&#xff1a; 1. 使用 SQL 查询&#xff1a; 您可以使用SQL查询来查看MySQL中的存储引擎。打开MySQL客户端&#xff0c;并连接到您的MySQL服务器&#xff0c;然后运行以下SQL查询&#xff1a; SHOW TABLE STATUS;这…...

FPGA project : dht11 温湿度传感器

没有硬件&#xff0c;过几天上板测试。 module dht11(input wire sys_clk ,input wire sys_rst_n ,input wire key ,inout wire dht11 ,output wire ds ,output wire …...

怎么做网站用于推广/千锋教育培训机构就业率

关于C语言如何有效正确的学习&#xff0c;我写了一个专栏&#xff1a;你可以这样学习C语言&#xff0c;有兴趣的小伙伴可以来看看哦&#xff0c;希望能对你有收获&#xff01;需要本文源代码的可以关注我后私信我&#xff01;阅读本文之前&#xff0c;请先阅读&#xff1a;C语言…...

银川做网站公司/网络销售挣钱吗

ECHO服务: ECHO服务器仅返回它从客户处收集到的所有数据。是网络管理员测试可达性、调试协议软件及识别选路问题的重要工具&#xff0c;周知端口位于7 与此类似&#xff0c;Time服务的知名端口是37&#xff0c;记录了从1900年1月1日午夜起所经历的秒数&#xff1b;DATETIME服务…...

wordpress主页404/引流软件下载站

npm install -g i5ting_toci5ting_toc -f 1.md -o...

java 框架用来做网站/移动广告联盟

开发板&#xff1a;荔枝派zero linux&#xff1a;5.10 rootfs&#xff1a;buildroot 2017.8.1 使用最新的主线linux内核5.10&#xff0c;主线5.10内核linux make ARCHarm licheepi_zero_defconfig 默认打开了8723BS编译为模块且只能编译成模块 因为要加载固件到8723内部 编译后…...

网站建设济南有做的吗/湘潭关键词优化公司

用域策略脚本实现把客户端administrator帐号密码统一更改 在写这贴之前&#xff0c;我在网上找过很多关于这个方面的资料&#xff0c;看到他们都是说的差不多&#xff0c;但是当一个新手来弄的话就比较难实现了。非常感谢网上的朋友们对我的帮助&#xff0c;我写这帖子就是想要…...

广东省网站开发建设/百度推广后台登录入口官网

工厂模式的实现方式和原理都不难理解和掌握。但是&#xff0c;在学习完之后&#xff0c;发现网上给的例子&#xff0c;根本体现不了工厂模式的作用。先不说存在有的例子本身就是错误的&#xff0c;主要是例子中的代码太简单&#xff0c;可以说没必要用工厂模式&#xff0c;只不…...