当前位置： 首页 > news >正文

生信初学者教程（二十二）：Boruta+RF筛选候选标记物

news 文章来源：https://blog.csdn.net/H20230717/article/details/142592045 2025/1/11 7:08:29

文章目录

    • 介绍
    • 加载R包
    • 导入数据
    • 准备数据
    • 机器学习特征筛选
      • 数据分割
      • 基础模型
      • Boruta特征筛选
      • 调参
      • 最终分类模型
      • 测试集验证
    • 标记基因
    • 输出结果
    • 总结

介绍

在这里插入图片描述

采用了Boruta结合 RF（Random Forest） 的方法，对差异基因（参考 @sec-different-limma） 进行了特征筛选。通过这种方法，能够从大量的候选基因中识别出与特定生物过程或疾病状态最为相关的关键基因。筛选出的这些重要基因不仅具有统计学上的显著性，而且在实际应用中具有较高的预测能力。这些经过Boruta+RF筛选的重要基因将被用于后续的生物信息学分析、疾病机制探究以及潜在治疗靶点的识别等研究中，以期进一步推动相关领域的科学进展。

版权归生信学习者所有，禁止商业和盗版使用，侵权必究

加载R包

使用rm(list = ls())来清空环境中的所有变量。


library(tidyverse)
lib

相关文章：

生信初学者教程（二十二）：Boruta+RF筛选候选标记物

文章目录 介绍加载R包导入数据准备数据机器学习特征筛选数据分割基础模型Boruta特征筛选调参最终分类模型测试集验证标记基因输出结果总结介绍 采用了Boruta结合 RF（Random Forest） 的方法，对差异基因（参考 @sec-different-limma） 进行了特征筛选。通过这种方法，能够从大…...

编程日记 2024/10/2 20:38:56

JVM Class类文件结构

国庆节快乐 2024年10月2日17:49:22 目录 前言 magic 数 文件版本 使用JClassLib观察class文件 一般信息 接口 常量池 字段 方法 常量池计数器 常量池 类型 CONSTANT_Methodref_info CONSTANT_Class_info 类型结构总表 访问标志 类索引, …...

编程日记 2024/10/2 20:37:55

解决 GitHub 文件大小限制的问题

要解决 GitHub 文件大小限制的问题，可以使用 Git Large File Storage (Git LFS)。以下是设置步骤： 安装 Git LFS： 对于 macOS：brew install git-lfs对于 Windows：从 Git LFS官网 下载并安装。 初始化 Git LFS&#xff…...

编程日记 2024/10/2 20:36:54

wordpress源码资源站整站打包32GB数据，含6.7W条资源数据

源码太大了，足足32gb，先分享给大家。新手建立资源站，直接用这个代码部署一下，数据就够用了。辅助简单做下seo，一个新站就OK了。 温馨提示：必须按照顺序安装 代码下载...

编程日记 2024/10/2 20:35:52

金融领域的人工智能——Palmyra-Fin 如何重新定义市场分析

引言 DigiOps与人工智能 正在改变全球各行各业，并带来新的创新和效率水平。人工智能已成为金融领域的强大工具，为市场分析、风险管理和决策带来了新方法。金融市场以复杂性和快速变化而闻名，人工智能处理大量数据并提供清晰、可操作的见解的…...

编程日记 2024/10/2 20:34:51

STL--string类

我们从这篇文章之后就正式开始学习STL的string，字面看起来是不是像C语言里面的字符串之类的处理方法，是的，C里面也是对字符串的一些处理函数，但是C有很多这样的函数，给大家推荐一个网站 ，这个网站是C的官网…...

编程日记 2024/10/2 20:33:50

iptables 的NDAT报错bash: 9000: command not forward

外网主机设置： iptables -t nat -A PREROUTING -d 192.168.3.51 -p tcp --dport 9000 -j DNAT --to-destination 192.168.3.61:22 本地shell连接： PS C:> ssh root192.168.3.51 9000 显示如下操作： PS C:> ssh root192.168.3.51 9000…...

编程日记 2024/10/2 20:29:46

快速了解：MySQL InnoDB和MyISAM的区别

目录 一、序言二、InnoDB和MyISAM对比1、InnoDB特性支持如下2、MyISAM特性支持如下 三、两者核心区别1、事务支持2、锁机制3、索引结构4、缓存机制5、故障恢复6、使用场景 一、序言 在MySQL 8.0中，InnoDB是默认的存储引擎。除了InnoDB，MySQL还支持其它的…...

编程日记 2024/10/2 20:28:44

TI DSP TMS320F280025 Note14：模数转换器ADC原理分析与应用

TMS320F280025 模数转换器ADC原理分析与应用 ` 文章目录 TMS320F280025 模数转换器ADC原理分析与应用逐次比较型ADC和双积分型ADC工作原理逐次比较型 ADC双积分型 ADC280025ADCADC原理分析ADC时钟SOCSOC内部原理ADC触发方式ADC采集(采样和保持)窗口通道寄生电容基准电压发生器模…...

编程日记 2024/10/2 20:27:44

【C++前缀和】2845. 统计趣味子数组的数目|2073

本文涉及的基础知识点 C算法：前缀和、前缀乘积、前缀异或的原理、源码及测试用例 包括课程视频 LeetCode 2845. 统计趣味子数组的数目 难度分：2073 给你一个下标从 0 开始的整数数组 nums ，以及整数 modulo 和整数 k 。 请你找出并统计数组…...

编程日记 2024/10/2 20:26:43

C++入门基础 (超详解)

文章目录 前言1. C关键字2. C的第一个程序3. 命名空间3.1 namespace的定义3.2 命名空间的嵌套3.3 命名空间使用3.4 查找优先级总结 4. C输入和输出4.1 标准输入输出 (iostream库)4.2 文件输入输出 (fstream库)4.3 字符串流 (sstream库)4.4 C格式化输出4.5 std::endl和\n的区别 …...

编程日记 2024/10/2 20:24:41

docker零基础入门教程

注意 本系列文章已升级、转移至我的自建站点中，本章原文为：Docker入门 目录 注意1.前言2.docker安装3.docker基本使用4.打包docker镜像5.docker进阶 1.前言 如果你长期写C/C代码，那你应该很容易发现C/C开源项目存在的一个严重问题&#xff…...

编程日记 2024/10/2 20:23:39

【Java SE 题库】移除元素(暴力解法)--力扣

🔥博客主页🔥：【 坊钰_CSDN博客 】 欢迎各位点赞👍评论✍收藏⭐ 目录 1. 题目 2. 解法(快慢“指针”) 3. 源码 4. 小结 1. 题目 给你一个数组 nums 和一个值 val，你需要原地移除所有数值等于 val 的元素。元素的顺…...

编程日记 2024/10/2 20:19:35

linux文件编程_进程

1. 进程相关概念 面试中关于进程，应该会问的的几个问题： 1.1. 什么是程序，什么是进程，有什么区别？ 程序是静态的概念，比如： 磁盘中生成的a.out文件，就叫做：程序进程是…...

编程日记 2024/10/2 20:18:34

java NIO实现UDP通讯

NIO Udp通讯工具类 import java.io.IOException; import java.net.InetSocketAddress; import java.nio.ByteBuffer; import java.nio.channels.DatagramChannel; import java.nio.channels.SelectionKey; import java.nio.channels.Selector; import java.util.Iterator;impo…...

编程日记 2024/10/2 20:17:33

ffmpeg如何实现视频推流？

FFmpeg是一个强大的多媒体框架，用于处理视频和音频数据。它包括了libavcodec(用于解码和编码)、libavformat(用于格式转换)、libavutil(提供一些辅助工具和函数)、libavfilter(用于音视频过滤)等多个库。 以下这些都是FFmpeg的特性 FFmpeg支持大量的音视频编解码器&…...

编程日记 2024/10/2 20:14:30

【HTML5】html5开篇基础（3）

1.❤️❤️前言~🥳🎉🎉🎉 Hello, Hello~ 亲爱的朋友们👋👋，这里是E绵绵呀✍️✍️。 如果你喜欢这篇文章，请别吝啬你的点赞❤️❤️和收藏📖📖。如果你对我的…...

编程日记 2024/10/2 20:12:28

echarts实现3D柱状图（视觉层面）根据博主改编

https://blog.csdn.net/weixin_57798646/article/details/131067725 这是原贴 在这个基础上我需要实现 一根柱子 代码如下 <!DOCTYPE html> <html lang"en" style"height: 100%"><head><meta charset"utf8"> </hea…...

编程日记 2024/10/2 20:10:26

【一篇文章理解Java中多级缓存的设计与实现】

文章目录 一.什么是多级缓存&#xff1f;1.本地缓存2.远程缓存3.缓存层级4.加载策略 二.适合/不适合的业务场景1.适合的业务场景2.不适合的业务场景 三.Redis与Caffine的对比1. 序列化2. 进程关系 四.各本地缓存性能测试对比报告(官方)五.本地缓存Caffine如何使用1. 引入maven依…...

编程日记 2024/10/2 20:09:25

OpenSource - 开源WAF_SamWaf

文章目录 PreSafeLine VS SamWaf开发初衷软件介绍架构界面主要功能 使用说明下载最新版本快速启动WindowsLinuxDocker 启动访问升级指南自动升级手动升级 在线文档 代码相关代码托管介绍和编译已测试支持的平台测试效果 安全策略问题反馈许可证书贡献代码 Pre Nginx - 集成Mod…...

编程日记 2024/10/2 20:06:22

旅游避坑指南

1.火车站旁白的小摊贩&#xff0c;还有周边的小饭店百分之百是黑店&#xff0c;不仅难吃要死而且巨黑&#xff01;&#xff01;&#xff01; 可以地图上搜索附近的大型商超&#xff0c;例如泰安市的银座商超&#xff0c;里面的东西不仅好吃而且价格透明&#xff0c;还有很多当…...

编程日记 2024/10/2 20:00:16

矩阵系统源码搭建的具体步骤，支持oem，源码搭建

一、前期准备 明确需求 确定矩阵系统的具体用途&#xff0c;例如是用于社交媒体管理、电商营销还是其他领域。梳理所需的功能模块&#xff0c;如多账号管理、内容发布、数据分析等。 技术选型 选择适合的编程语言&#xff0c;如 Python、Java、Node.js 等。确定数据库类型&…...

编程日记 2024/10/2 19:59:15

正则表达式调试工具实战

正则表达式调试工具实战 1、新建工程QWidget工程工程名RegexTool 如果QT不会配置，请参考我的博客，QT配置 Widget.cpp 默认内容如下 2、主界面设计 三行两列，每行采用HBoxLayout作为行布局控件，内部一个Lable控件和一个TextEdit控件，采用VBoxLayout 控件包裹三个HBoxLa…...

编程日记 2024/10/2 19:58:14

SQL:函数以及约束

目录 介绍 函数 字符串函数 数值函数 日期函数 流程函数 约束 总结 介绍 说到函数我们都不陌生,在C,C,java等语言中都有库函数,我们在平时也是经常使用,函数就是一段代码,我们既可以自定义实现,又可以使用库里内置的函数;从来更加简洁方便的完成业务;同样的在SQL中也有…...

编程日记 2024/10/2 19:55:10

在Linux中将设备驱动的地址映射到用户空间

本期主题&#xff1a; MMU的简单介绍&#xff0c;以及如何实现设备地址映射到用户空间 往期链接&#xff1a; Linux内核链表零长度数组的使用inline的作用嵌入式C基础——ARRAY_SIZE使用以及踩坑分析Linux下如何操作寄存器&#xff08;用户空间、内核空间方法讲解&#xff09;…...

编程日记 2024/10/2 19:50:06

电脑自带dll修复在哪里，dll丢失的6种解决方法总结

在现代科技日新月异的时代&#xff0c;电脑已经成为我们生活中不可或缺的一部分。然而&#xff0c;在使用电脑的过程中&#xff0c;我们常常会遇到一些常见的问题&#xff0c;其中之一就是dll文件丢失或损坏。当这些dll文件丢失或损坏时&#xff0c;可能会导致某些应用程序无法…...

编程日记 2024/10/2 19:46:03

k8s基于nfs创建storageClass

首先安装nfs #服务端安装 yum install -y nfs-utils rpcbind #客户端安装 yum install -y nfs-utils #启动服务 并设置开启启动 systemctl start rpcbind && systemctl enable rpcbind systemctl start nfs && systemctl enable nfs #创建共享目录 mkdir -p /…...

编程日记 2024/10/2 19:42:58

Chrome无法拖入加载.crx扩展文件(以IDM为例)

问题原因&#xff1a;新版本的Chrome浏览器已不支持加载.crx文件 解决办法&#xff1a;将.crx文件压缩为.zip文件&#xff0c;解压缩后再加载到Chrome中 以IDM的.crx文件作为示例&#xff1b; IDM的.crx文件位于C:\Program Files (x86)\Internet Download Manager; 将IDMGCE…...

编程日记 2024/10/2 19:37:55

数字教学时代：构建高效在线帮助中心的重要性

在数字化教学日益普及的今天&#xff0c;教育领域正经历着前所未有的变革。随着在线课程、虚拟教室、智能学习平台等数字化工具的广泛应用&#xff0c;教育资源的获取方式和学习模式发生了深刻变化。然而&#xff0c;这种变革也带来了新的挑战&#xff0c;其中之一便是如何确保…...

编程日记 2024/10/2 19:34:52

828华为云征文｜华为云弹性云服务器FlexusX实例下的Nginx性能测试

本文写的是华为云弹性云服务器FlexusX实例下的Nginx性能测试 目录 一、华为云弹性云服务器FlexusX实例简介二、测试环境三、测试工具四、测试方法五、测试结果 下面是华为云弹性云服务器FlexusX实例下的Nginx性能测试。 一、华为云弹性云服务器FlexusX实例简介 华为云弹性云服…...

编程日记 2024/10/2 19:32:50

使用word做网站/磁力狗bt

OGG12C配置环境配置&#xff1a;安装数据库Oracle12c安装源端OGG&#xff1a;oggs PORT:7809安装目标端OGG&#xff1a;oggt PORT:7909源端和目标端地址&#xff1a;127.0.0.1源端数据库&#xff1a;-----修改源数据库配置&#xff1a;SQL> sqlplus / as sysdba;SQL>a…...

编程日记 2025/1/11 5:53:29

建设网站需要什么设施/seo企业优化方案

终端进入工程Runner目录 执行 pod setup 编辑PodFile文件 新增 #必须集成 //由原来的UMCCommon变为UMCommonpod UMCommonpod UMDevice 具体位置如下 终端执行命令 pod install 安装好后 因为我的工程是Flutter接入友盟&#xff0c;原生桥接文件 flutter 种sdk已经有了 新…...

编程日记 2025/1/11 4:34:26

重庆中小企业建站价格/惠州seo外包公司

海伊布控球对接海康Ehome协议平台安装调试手册 1、进入布控球机芯设置: 打开 浏览器登录海康机芯网页192.168.1.64&#xff0c;登录账号&#xff1a;admin 密码&#xff1a;abcd1234 2、路由网关设置&#xff1a; 打开Netplay配置软件查看设备的IP信息&#xff0c;在浏览器网…...

编程日记 2025/1/11 4:29:24

如何用普通电脑做网站服务器/关键词歌曲歌词

让城市变成生态公园—新型生态别墅设计 梦想家园-生态小屋 前言&#xff1a;上海世博会的主题是“城市让生活更美好”&#xff0c;是的&#xff0c;城市的确可以让生活更美好&#xff0c;关键是我们要去建设美好的城市。我觉得城市可以变得更美好。城市应该是一个巨大的生态公园…...

编程日记 2025/1/11 0:44:41

德州住房和城乡建设局网站/武汉百度推广电话

据外媒报道指&#xff0c;三星已决定牺牲手机业务的利润&#xff0c;将重夺印度智能手机市场份额第一名作为首要目标&#xff0c;为此它在印度市场更加重视中低端市场&#xff0c;大量推出A系、J系手机&#xff0c;每月将推出一两款手机&#xff0c;针对印度线上手机市场推出的…...

编程日记 2025/1/11 0:22:26

拼多多网站开发/苏州网络推广服务

2019独角兽企业重金招聘Python工程师标准>>> 米泽牛肉便当 牛肉どまん中 图/iwa-chan.at.webry.info 说到日本铁路便当&#xff0c;第一个肯定得介绍山形县米泽站的特色便当——米泽牛肉便当。自1992年推出后&#xff0c;就稳居日本超人气铁路便当名单&#xff0c;可…...

编程日记 2025/1/11 0:05:07