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HMMER是一个软件包，它提供了制作蛋白质和DNA序列域家族概率模型的工具，称为轮廓隐马尔可夫模型、轮廓HMM或仅轮廓，并使用这些轮廓来注释新序列、搜索序列数据库以寻找其他同源物，以及进行深度多重序列比对。HMMER是已知蛋白质和DNA序列域家族的几种综合比对和图谱的基础，包括Pfam数据库。

网页版  https://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer/

conda install hmmer
# 各种安装方式。http://hmmer.org/documentation.html# install_path/hmmer-3.3.2/tutorial  test文件位置### 1. hmmsearch:用profile文件搜索序列数据库## Step 1: build a profile with hmmbuild# globins4.sto 四个珠蛋白序列的MSA比对结果，Stockholm formathmmbuild globins4.hmm globins4.sto# 统计对序列比对（MSA） 的HMM（隐马尔科夫） profile 
hmmstat globins4.hmm## Step 2: search the sequence database with hmmsearch
# 下载数据库文件如 uniprot_sprot.fasta， globins45.fa为演示数据库hmmsearch globins4.hmm globins45.fa > globins4.out# 输出globins4.out为sequence top hits list，BLAST-like style
# E-value 期望的假阳性率### 2  在序列数据库中迭代搜索
jackhmmer HBB_HUMAN uniprot_sprot.fasta### 3. 用序列文件搜索profile数据库
## Step 1: create a profile database file
hmmbuild globins4.hmm globins4.sto
hmmbuild fn3.hmm fn3.sto
hmmbuild Pkinase.hmm Pkinase.sto
cat globins4.hmm fn3.hmm Pkinase.hmm > minifam## Step 2: compress and index the flatfile with hmmpress
hmmpress minifam## Step 3: search the profile database with hmmscan
hmmscan minifam 7LESS_DROME

参考：
http://eddylab.org/software/hmmer/Userguide.pdf