当前位置: 首页 > news >正文

MMPBSA计算--基于李继存老师gmx_mmpbsa脚本

MMPBSA计算–基于李继存老师gmx_mmpbsa脚本

前期准备

软件安装

安装gromacs, 可以查阅 我的blogGromacs-2022 GPU-CUDA加速版 unbantu

安装 apbs, sudo apt install apbs
安装 gawk, sudo apt install gawk

MD模拟好的文件

我们以研究蛋白小分子动态相互作用-III(蛋白配体复合物 GROMACS)模拟好的文件为例子
需要准备如下文件

脚本执行

MD 做完后需要修复轨迹

gmx trjconv -s md_0_10.tpr -f md_0_10.xtc -o md_0_10_center.xtc -center -pbc mol -ur compact

采集最后5ns的模拟数据

gmx trjconv -f md_0_10_center.xtc -o trj_5-10ns.xtc -b 5000 -e 10000

检查轨迹路径

gmx check -f trj_5-10ns.xtc

检查index.ndx, 配体的索引只能是一个,多的必须删除

下载 gmx_mmpbsa.bash,网址:https://github.com/Jerkwin/gmxtools/blob/master/gmx_mmpbsa/gmx_mmpbsa.bsh
修改文件:

修改为:

执行文件:

bash gmx_mmpbsa.bash

最终结果



结果结合力非常强!!

相关文章:

MMPBSA计算--基于李继存老师gmx_mmpbsa脚本

MMPBSA计算–基于李继存老师gmx_mmpbsa脚本 前期准备 软件安装 安装gromacs, 可以查阅 我的blogGromacs-2022 GPU-CUDA加速版 unbantu 安装 apbs, sudo apt install apbs 安装 gawk, sudo apt install gawk MD模拟好的文件 我们以研究蛋白小分子动态相互作用-III(蛋白配体…...

Kafka优化篇-压测和性能调优

简介 Kafka的配置详尽、复杂,想要进行全面的性能调优需要掌握大量信息,这里只记录一下我在日常工作使用中走过的坑和经验来对kafka集群进行优化常用的几点。 Kafka性能调优和参数调优 性能调优 JVM的优化 java相关系统自然离不开JVM的优化。首先想到…...

MinIo-SDK

3.2.5 SDK 3.2.5.1上传文件 MinIO提供多个语言版本SDK的支持&#xff0c;下边找到java版本的文档&#xff1a; 地址&#xff1a;https://docs.min.io/docs/java-client-quickstart-guide.html 最低需求Java 1.8或更高版本: maven依赖如下&#xff1a; XML<dependency&g…...

系统分析师真题2018试卷相关概念一

面向对象的基本概念: 对象的三要素为:属性(数据)、方法(操作)、对象ID(标识)UML2.0包括14种图: 类图(class diagram):类图描述一组类、接口、协作和他们之间的关系。在OO系统的建模中,最常见的图就是类图。类图给出了系统的静态设计图,活动类的类图给出了系统的静…...

身为大学生,你不会还不知道有这些学生福利吧!!!!

本文介绍的是利用学生身份可以享受到的相关学生优惠权益&#xff0c;但也希望各位享受权利的同时不要忘记自己的义务&#xff0c;不要售卖、转手自己的学生优惠资格&#xff0c;使得其他同学无法受益。 前言 高考已经过去&#xff0c;我们也将迎来不同于以往的大学生活&#x…...

试题 算法训练 藏匿的刺客

问题描述 强大的kAc建立了强大的帝国&#xff0c;但人民深受其学霸及23文化的压迫&#xff0c;于是勇敢的鹏决心反抗。   kAc帝国防守森严&#xff0c;鹏带领着小伙伴们躲在城外的草堆叶子中&#xff0c;称为叶子鹏。   kAc帝国的派出的n个看守员都发现了这一问题&#xff…...

JavaWab开发的总括以及HTML知识

一、Web开发的总括在这里我来给大家介绍一下Wab开发需要配合哪些前后端的对应语言:首先是Java(Java通常的工作):Wab开发android开发大数据开发另外,Wab开发想要学好就需要配合之前博客中的内容,如:多线程/IO/网络/数据结构/数据库......这里建议学懂前面的内容再往下走.JavaWab…...

Oracle数据库文件(*.dbf)迁移【图文教程】

目录 背景 解决 第1步:sqlplus登录 第2步:查看Oracle数据文件所在目录 第3步:修改表空间为离线状态 第4步: 移动数据库文件到新目录 第5步:修改表空间数据文件位置 第6步:修改表空间为online状态 第7步:临时表空间处理 第8步:验证修改是否成功 参考...

Java中如何创建和使用对象?

要想使用一个类则必须要有对象。在Java程序中可以使用new关键字创建对象&#xff0c;具体格式如下&#xff1a;类名对象名称null; 对象名称new 类名();上述格式中&#xff0c;创建对象分为声明对象和实例化对象两步&#xff0c;也可以直接通过下面的方式创建对象&#xff0c;具…...

Spring Cloud Alibaba--ActiveMQ微服务详解之消息队列(四)

上篇讲述高并发情况下的数据库处理方式&#xff1a;分布式事务管理机制。即使我们做到这一步并发情况只能稍微得到缓解&#xff0c;当然千万级别的问题不大&#xff0c;但在面对双十一淘宝这类的达上亿的并发的时候仅仅靠分布式事务管理还是远远不够&#xff0c;即使数据库可以…...

32岁,薪水被应届生倒挂,裸辞了

今年 32 岁&#xff0c;我从公司离职了&#xff0c;是裸辞。 前段时间&#xff0c;我有一件事情一直憋在心里很难受&#xff0c;想了很久也没找到合适的人倾诉&#xff0c;就借着今天写出来。 我一个十几年开发经验&#xff0c;八年 软件测试 经验的职场老人&#xff0c;我慢…...

蓝桥杯训练day1

前缀和差分1.前缀和(1)3956. 截断数组(2)795. 前缀和(3)796. 子矩阵的和(4)1230. K倍区间(5)99. 激光炸弹2.差分(1)797. 差分(2)差分矩阵(3)3729. 改变数组元素(4)100. 增减序列1.前缀和 (1)3956. 截断数组 方法1&#xff1a;暴力 先用两个数组分别保存前缀和&#xff0c;后缀…...

Unity毛发系统TressFX Exporter

Unity 数字人交流群&#xff1a;296041238 一&#xff1a;在Maya下的TressFX Exporter 插件安装步骤&#xff1a; 1. 下载Maya的TressFX Exporter插件 下载地址&#xff1a;TressFX Exporter 链接&#xff1a;https://github.com/Unity-China/cn.unity.hairfx.core/tree/m…...

《爆肝整理》保姆级系列教程python接口自动化(十九)--Json 数据处理---实战(详解)

简介 上一篇说了关于json数据处理&#xff0c;是为了断言方便&#xff0c;这篇就带各位小伙伴实战一下。首先捋一下思路&#xff0c;然后根据思路一步一步的去实现和实战&#xff0c;不要一开始就盲目的动手和无头苍蝇一样到处乱撞&#xff0c;撞得头破血流后而放弃了。不仅什么…...

Golang:reflect反射的使用例子

1.reflect包作用 reflect包定义了“反射”相关能力&#xff0c;“反射”在计算机学中是指计算机程序在运行时&#xff08;runtime&#xff09;可以访问、检测和修改它本身状态或行为的一种能力。基于反射特性可以通用化地解决一些需要频繁修改代码及硬编码问题&#xff0c;但是…...

markdown常用语法--花括号(超详细)

&#x1f48c; 所属专栏&#xff1a;【Markdown常用语法】 &#x1f600; 作  者&#xff1a;我是夜阑的狗&#x1f436; &#x1f680; 个人简介&#xff1a;一个正在努力学技术的CV工程师&#xff0c;专注基础和实战分享 &#xff0c;欢迎咨询&#xff01; &#x1…...

BN、SyncBN、IN、LN、GN学习记录

1 BatchNormBN的原理BN是计算机视觉最常用的标准化方法&#xff0c;它沿着N、H、W维度对输入特征图求均值和方差&#xff0c;随后再利用均值和方差来归一化特征图。计算过程如下图所示&#xff0c;1&#xff09;沿着通道维度计算其他维度的均值&#xff1b;2&#xff09;沿着通…...

使用 Auto-scheduling 优化算子

本篇回答来源于 TVM 官方英文文档 Lianmin Zheng&#xff0c;Chengfan Jia。更多 TVM 中文文档可访问→https://tvm.hyper.ai/ 本教程将展示 TVM 的 Auto Scheduling 功能&#xff0c;如何在不编写自定义模板的情况下&#xff0c;找到最佳 schedule。 与基于模板的 AutoTVM 依…...

智能运维应用之道,告别企业数字化转型危机

面临的问题及挑战 数据中心发展历程 2000 年中国数据中心始建&#xff0c;至今已经历以下 3 大阶段。早期&#xff1a;离散型数据中心 IT 因以项目建设为导向&#xff0c;故缺乏规划且无专门运维管理体系&#xff0c;此外&#xff0c;开发建设完的项目均是独立运维维护&#…...

第七章 SQL错误信息 - SQL错误代码 -400 到 -500

文章目录第七章 SQL错误信息 - SQL错误代码 -400 到 -500SQL错误代码和消息表WinSock错误代码-10050到-11002第七章 SQL错误信息 - SQL错误代码 -400 到 -500 SQL错误代码和消息表 错误代码描述-400发生严重错误-401严重连接错误-402用户名/密码无效-405无法从通信设备读取-4…...

后进先出(LIFO)详解

LIFO 是 Last In, First Out 的缩写&#xff0c;中文译为后进先出。这是一种数据结构的工作原则&#xff0c;类似于一摞盘子或一叠书本&#xff1a; 最后放进去的元素最先出来 -想象往筒状容器里放盘子&#xff1a; &#xff08;1&#xff09;你放进的最后一个盘子&#xff08…...

Redis相关知识总结(缓存雪崩,缓存穿透,缓存击穿,Redis实现分布式锁,如何保持数据库和缓存一致)

文章目录 1.什么是Redis&#xff1f;2.为什么要使用redis作为mysql的缓存&#xff1f;3.什么是缓存雪崩、缓存穿透、缓存击穿&#xff1f;3.1缓存雪崩3.1.1 大量缓存同时过期3.1.2 Redis宕机 3.2 缓存击穿3.3 缓存穿透3.4 总结 4. 数据库和缓存如何保持一致性5. Redis实现分布式…...

(二)TensorRT-LLM | 模型导出(v0.20.0rc3)

0. 概述 上一节 对安装和使用有个基本介绍。根据这个 issue 的描述&#xff0c;后续 TensorRT-LLM 团队可能更专注于更新和维护 pytorch backend。但 tensorrt backend 作为先前一直开发的工作&#xff0c;其中包含了大量可以学习的地方。本文主要看看它导出模型的部分&#x…...

2.Vue编写一个app

1.src中重要的组成 1.1main.ts // 引入createApp用于创建应用 import { createApp } from "vue"; // 引用App根组件 import App from ./App.vue;createApp(App).mount(#app)1.2 App.vue 其中要写三种标签 <template> <!--html--> </template>…...

Hive 存储格式深度解析:从 TextFile 到 ORC,如何选对数据存储方案?

在大数据处理领域&#xff0c;Hive 作为 Hadoop 生态中重要的数据仓库工具&#xff0c;其存储格式的选择直接影响数据存储成本、查询效率和计算资源消耗。面对 TextFile、SequenceFile、Parquet、RCFile、ORC 等多种存储格式&#xff0c;很多开发者常常陷入选择困境。本文将从底…...

智能AI电话机器人系统的识别能力现状与发展水平

一、引言 随着人工智能技术的飞速发展&#xff0c;AI电话机器人系统已经从简单的自动应答工具演变为具备复杂交互能力的智能助手。这类系统结合了语音识别、自然语言处理、情感计算和机器学习等多项前沿技术&#xff0c;在客户服务、营销推广、信息查询等领域发挥着越来越重要…...

腾讯云V3签名

想要接入腾讯云的Api&#xff0c;必然先按其文档计算出所要求的签名。 之前也调用过腾讯云的接口&#xff0c;但总是卡在签名这一步&#xff0c;最后放弃选择SDK&#xff0c;这次终于自己代码实现。 可能腾讯云翻新了接口文档&#xff0c;现在阅读起来&#xff0c;清晰了很多&…...

C++ 设计模式 《小明的奶茶加料风波》

&#x1f468;‍&#x1f393; 模式名称&#xff1a;装饰器模式&#xff08;Decorator Pattern&#xff09; &#x1f466; 小明最近上线了校园奶茶配送功能&#xff0c;业务火爆&#xff0c;大家都在加料&#xff1a; 有的同学要加波霸 &#x1f7e4;&#xff0c;有的要加椰果…...

Java求职者面试指南:Spring、Spring Boot、Spring MVC与MyBatis技术解析

Java求职者面试指南&#xff1a;Spring、Spring Boot、Spring MVC与MyBatis技术解析 一、第一轮基础概念问题 1. Spring框架的核心容器是什么&#xff1f;它的作用是什么&#xff1f; Spring框架的核心容器是IoC&#xff08;控制反转&#xff09;容器。它的主要作用是管理对…...

加密通信 + 行为分析:运营商行业安全防御体系重构

在数字经济蓬勃发展的时代&#xff0c;运营商作为信息通信网络的核心枢纽&#xff0c;承载着海量用户数据与关键业务传输&#xff0c;其安全防御体系的可靠性直接关乎国家安全、社会稳定与企业发展。随着网络攻击手段的不断升级&#xff0c;传统安全防护体系逐渐暴露出局限性&a…...