当前位置: 首页 > news >正文

ubuntu(18.04) 安装 blast

1、下载

https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/


2、解压,配置环境变量

tar zvxf ncbi-blast-2.14.1+-x64-linux.tar.gz解压后改名为 blast

 配置环境变量,可以不配置 使用的时候直接绝对路径使用

vim ~/.bashrc  将下面添加道最后, dir 是解压文件所在的绝对路径,export BLAST_HOME=/dir/blast
export PATH=$PATH:/dir/blast/bin使配置生效source ~/.bashrc测试安装结果blastn -version 如果显示版本信息则说明可正常使用


3、创建数据库


在/dir/blast 下创建文件夹 db/mydb  用来存放不同的数据库

构建数据库:initdb.fasta 是用来构建数据库的源文件


#绝对路径调用,直接使用makeblastdb调用可能出现找不到命令的问题,可能是环境变量没有配置好/dir/blast/bin/makeblastdb -in /dir/blast/db/mydb/initdb.fasta -dbtype prot

结果:

4、测试搜索  test.fasta 是测试序列文件

#采用绝对路径调用#结果输出到终端/dir/blast/bin/blastp -query /dir/blast/output/test.fasta -db /dir/blast/db/mydb/initdb.fasta -outfmt 6#结果输出到文件/dir/blast/bin/blastp -query /dir/blast/output/test.fasta -db /dir/blast/db/mydb/initdb.fasta -outfmt 6 -out /dir/blast/output/test

结果:

5.在php中调用

相关文章:

ubuntu(18.04) 安装 blast

1、下载 https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast/LATEST/2、解压,配置环境变量 tar zvxf ncbi-blast-2.14.1-x64-linux.tar.gz解压后改名为 blast 配置环境变量,可以不配置 使用的时候直接绝对路径使用 vim ~/.bashrc 将下面添加道最…...

3.2每日一题(定积分求抽水做工问题)

1、画图,把题目的容器画出来:球形容器,半径为R 2、根据容器的形状进行分析: 抽水的实质是不同深度的水抽出去走的位移是不一样的>抽水的过程 : (1)先考虑深度为 x到xdx 的薄层水抽出去做多少…...

c语言基础:L1-063 吃鱼还是吃肉

国家给出了 8 岁男宝宝的标准身高为 130 厘米、标准体重为 27 公斤;8 岁女宝宝的标准身高为 129 厘米、标准体重为 25 公斤。 现在你要根据小宝宝的身高体重,给出补充营养的建议。 输入格式: 输入在第一行给出一个不超过 10 的正整数 N&am…...

<if> 标签中使用了不正确的语法。在 XML 中,<if> 标签不需要使用 <![CDATA[ ... ]]> 将条件语句包装起来。 否则会报错

标签中使用了不正确的语法。在 XML 中&#xff0c; 标签不需要使用 <![CDATA[ ... ]]> 将条件语句包装起来。 否则会报错...

Ubuntu 诞生 19 年

导读2004 年 10 月 20 日&#xff0c;Ubuntu 4.10 正式发布&#xff0c;代号‘Warty Warthog’。 作为 Ubuntu 第一个版本&#xff0c;4.10 问世后立刻受到广大 Linux 用户欢迎。它搭载了当时最新的 GNOME 2.8 桌面环境&#xff0c;以及一系列实用软件&#xff0c;比如 Mozilla…...

JVM进阶(3)

一)什么是垃圾&#xff1f; 垃圾指的是在应用程序中没有任何指针指向的对象&#xff0c;这个对象就是需要被回收的垃圾&#xff0c;如果不及时的针对内存中的垃圾进行清理&#xff0c;那么这些垃圾对象所占用的内存空间可能一直保留到应用程序结束&#xff0c;被保留的空间无法…...

Qt QWidget、QDialog、QMainWindow的区别

QWidget QWidget是Qt框架中最基础的窗口类&#xff0c;可以理解为用户界面的最基本单元。QWidget类提供了一个空白窗口&#xff0c;可以通过继承该类来创建自定义的窗口类。QWidget类提供了基本的窗口属性和方法&#xff0c;如大小、位置、标题、图标等。 QDialog QDialog是…...

软考 系统架构设计师系列知识点之设计模式(10)

接前一篇文章&#xff1a;软考 系统架构设计师系列知识点之设计模式&#xff08;9&#xff09; 所属章节&#xff1a; 老版&#xff08;第一版&#xff09;教材 第7章. 设计模式 第2节. 设计模式实例 相关试题 9. 某软件公司欲设计一款图像处理软件&#xff0c;帮助用户对拍…...

【python爬虫】设计自己的爬虫 1. request封装

通过requests.session().request 封装request方法 考虑到请求HTTP/2.0 同时封装httpx 来处理HTTP/2.0的请求 封装requests # 遇到请求失败的情况时 重新请求&#xff0c;请求5次等待2s retry(stop_max_attempt_number5, retry_on_resultlambda re_data: re_data is None, wai…...

8.0 新特性 - innodb_ddl_threads

前言 MySQL 8.0.27 引入了一个新变量来控制 InnoDB 可用于创建&#xff08;排序和构建&#xff09;二级索引的最大并行线程数&#xff1a;innodb_ddl_threads 通过调整该参数&#xff0c;可以提升二级索引的创建速度。 参数介绍 1. innodb_ddl_threads 创建二级索引时&…...

pgAdmin 4 v7.8 发布,PostgreSQL 开源图形化管理工具

导读pgAdmin 是 PostgreSQL 领先的开源图形化管理工具。pgAdmin 4 旨在满足新手和有经验的 Postgres 用户的需求&#xff0c;提供强大的图形界面&#xff0c;简化了数据库对象的创建、维护和使用。 pgAdmin 开发团队日前发布了 pgAdmin 4 v7.8 版本&#xff0c;这个版本包括 21…...

Realrek 2.5G交换机 8+1万兆光RTL8373-VB-CG方案简介

新一代2.5G交换机方案RTL8373-VB-CG可以提供4中不同形态 a. 52.5G 电口110G光》RTL8373 b. 52.5G 电口110G电》RTL83738261 c. 82.5G 电口110G光》RTL83738224 d.82.5G 电口110G电口》RTL837382248261 1.概述 Realtek RTL8373-CG是一款低功耗、高性能、高度集成的八端口2.5G和一…...

Linux命令随笔

文章目录 grep命令 grep命令 例如&#xff0c;在Linux系统中&#xff0c;要在当前目录下的所有文件中搜索包含字符串"hello"的行&#xff0c;并显示文件名&#xff0c;可以使用以下命令&#xff1a; grep -r "hello" .其中&#xff0c;"."表示…...

最新版scene-builder安装

JavaFX Scene Builder是一个可视化的布局工具&#xff0c;用于设计JavaFX用户界面。它允许开发人员使用拖放和可视化的方式创建和编辑JavaFX界面&#xff0c;而无需直接编写代码。 JavaFX Scene Builder提供了一个直观的界面&#xff0c;让开发人员可以轻松地创建和修改JavaFX…...

直击电商商城内核!一站式解决方案

作为一家深耕电商运营多年的软件开发公司&#xff0c;我们拥有先进的轻量级电商中台系统&#xff0c;且100%开源&#xff0c;包含B2C、B2B2C、S2B2C、O2O和社区团购等多种商业模式&#xff0c;无论在技术、业务架构、功能、设计还是售后支持上&#xff0c;我们都秉承着追求极致…...

rabbitmq安装、基本使用

docker run -it --rm --name rabbitmq -p 5672:5672 -p 15672:15672 rabbitmq:3.12-management docker会自己下载&#xff0c;然后运行 进入docker&#xff1a; docker exec -it rabbitmq bash 进入容器&#xff0c;重启rabbitmq&#xff1a;rabbitmq-server restart 感觉所有的…...

Amaon CloudFront助力出海业务访问优化

企业的展示网站需要面向多个国家的客户时&#xff0c;由于地理位置的原因。往往会出现一个痛点&#xff0c;网络延迟太高&#xff0c;以至于图片、视频播放时会非常卡顿。客户的访问体验非常差&#xff0c;直接影响到企业收益。此篇文章九河云综合分析Amaon CloudFront&#xf…...

python实现ModBusRTU服务端

python实现基于串口通信的ModBusRTU服务端是一件简单的事情&#xff0c;只要通过pymodbus模块和Serial模块就可以实现。...

yum安装node,npm

node官网 yum -y install nodejs npm 查看版本 npm -v node -v卸载 yum -y remove nodejs npm修改镜像源 4.1. 修改淘宝镜像源 set registry https://registry.npm.taobao.org npm config get registr4.2. 修改华为云镜像源 npm config set registry https://mirrors.huaweicl…...

ESM蛋白质语言模型系列

模型总览 第一篇《Biological structure and function emerge from scaling unsupervised learning to 250 million protein sequences 》ESM-1b 第二篇《MSA Transformer》在ESM-1b的基础上作出改进&#xff0c;将模型的输入从单一蛋白质序列改为MSA矩阵&#xff0c;并在Tran…...

web vue 项目 Docker化部署

Web 项目 Docker 化部署详细教程 目录 Web 项目 Docker 化部署概述Dockerfile 详解 构建阶段生产阶段 构建和运行 Docker 镜像 1. Web 项目 Docker 化部署概述 Docker 化部署的主要步骤分为以下几个阶段&#xff1a; 构建阶段&#xff08;Build Stage&#xff09;&#xff1a…...

从深圳崛起的“机器之眼”:赴港乐动机器人的万亿赛道赶考路

进入2025年以来&#xff0c;尽管围绕人形机器人、具身智能等机器人赛道的质疑声不断&#xff0c;但全球市场热度依然高涨&#xff0c;入局者持续增加。 以国内市场为例&#xff0c;天眼查专业版数据显示&#xff0c;截至5月底&#xff0c;我国现存在业、存续状态的机器人相关企…...

前端导出带有合并单元格的列表

// 导出async function exportExcel(fileName "共识调整.xlsx") {// 所有数据const exportData await getAllMainData();// 表头内容let fitstTitleList [];const secondTitleList [];allColumns.value.forEach(column > {if (!column.children) {fitstTitleL…...

Cilium动手实验室: 精通之旅---20.Isovalent Enterprise for Cilium: Zero Trust Visibility

Cilium动手实验室: 精通之旅---20.Isovalent Enterprise for Cilium: Zero Trust Visibility 1. 实验室环境1.1 实验室环境1.2 小测试 2. The Endor System2.1 部署应用2.2 检查现有策略 3. Cilium 策略实体3.1 创建 allow-all 网络策略3.2 在 Hubble CLI 中验证网络策略源3.3 …...

Java - Mysql数据类型对应

Mysql数据类型java数据类型备注整型INT/INTEGERint / java.lang.Integer–BIGINTlong/java.lang.Long–––浮点型FLOATfloat/java.lang.FloatDOUBLEdouble/java.lang.Double–DECIMAL/NUMERICjava.math.BigDecimal字符串型CHARjava.lang.String固定长度字符串VARCHARjava.lang…...

令牌桶 滑动窗口->限流 分布式信号量->限并发的原理 lua脚本分析介绍

文章目录 前言限流限制并发的实际理解限流令牌桶代码实现结果分析令牌桶lua的模拟实现原理总结&#xff1a; 滑动窗口代码实现结果分析lua脚本原理解析 限并发分布式信号量代码实现结果分析lua脚本实现原理 双注解去实现限流 并发结果分析&#xff1a; 实际业务去理解体会统一注…...

2025季度云服务器排行榜

在全球云服务器市场&#xff0c;各厂商的排名和地位并非一成不变&#xff0c;而是由其独特的优势、战略布局和市场适应性共同决定的。以下是根据2025年市场趋势&#xff0c;对主要云服务器厂商在排行榜中占据重要位置的原因和优势进行深度分析&#xff1a; 一、全球“三巨头”…...

技术栈RabbitMq的介绍和使用

目录 1. 什么是消息队列&#xff1f;2. 消息队列的优点3. RabbitMQ 消息队列概述4. RabbitMQ 安装5. Exchange 四种类型5.1 direct 精准匹配5.2 fanout 广播5.3 topic 正则匹配 6. RabbitMQ 队列模式6.1 简单队列模式6.2 工作队列模式6.3 发布/订阅模式6.4 路由模式6.5 主题模式…...

Docker 本地安装 mysql 数据库

Docker: Accelerated Container Application Development 下载对应操作系统版本的 docker &#xff1b;并安装。 基础操作不再赘述。 打开 macOS 终端&#xff0c;开始 docker 安装mysql之旅 第一步 docker search mysql 》〉docker search mysql NAME DE…...

【MATLAB代码】基于最大相关熵准则(MCC)的三维鲁棒卡尔曼滤波算法(MCC-KF),附源代码|订阅专栏后可直接查看

文章所述的代码实现了基于最大相关熵准则(MCC)的三维鲁棒卡尔曼滤波算法(MCC-KF),针对传感器观测数据中存在的脉冲型异常噪声问题,通过非线性加权机制提升滤波器的抗干扰能力。代码通过对比传统KF与MCC-KF在含异常值场景下的表现,验证了后者在状态估计鲁棒性方面的显著优…...