ubuntu(18.04) 安装 blast
1、下载
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

2、解压,配置环境变量
tar zvxf ncbi-blast-2.14.1+-x64-linux.tar.gz解压后改名为 blast
配置环境变量,可以不配置 使用的时候直接绝对路径使用
vim ~/.bashrc 将下面添加道最后, dir 是解压文件所在的绝对路径,export BLAST_HOME=/dir/blast
export PATH=$PATH:/dir/blast/bin使配置生效source ~/.bashrc测试安装结果blastn -version 如果显示版本信息则说明可正常使用
3、创建数据库
在/dir/blast 下创建文件夹 db/mydb 用来存放不同的数据库
构建数据库:initdb.fasta 是用来构建数据库的源文件
#绝对路径调用,直接使用makeblastdb调用可能出现找不到命令的问题,可能是环境变量没有配置好/dir/blast/bin/makeblastdb -in /dir/blast/db/mydb/initdb.fasta -dbtype prot
结果:

4、测试搜索 test.fasta 是测试序列文件
#采用绝对路径调用#结果输出到终端/dir/blast/bin/blastp -query /dir/blast/output/test.fasta -db /dir/blast/db/mydb/initdb.fasta -outfmt 6#结果输出到文件/dir/blast/bin/blastp -query /dir/blast/output/test.fasta -db /dir/blast/db/mydb/initdb.fasta -outfmt 6 -out /dir/blast/output/test
结果:

5.在php中调用
相关文章:
ubuntu(18.04) 安装 blast
1、下载 https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast/LATEST/2、解压,配置环境变量 tar zvxf ncbi-blast-2.14.1-x64-linux.tar.gz解压后改名为 blast 配置环境变量,可以不配置 使用的时候直接绝对路径使用 vim ~/.bashrc 将下面添加道最…...
3.2每日一题(定积分求抽水做工问题)
1、画图,把题目的容器画出来:球形容器,半径为R 2、根据容器的形状进行分析: 抽水的实质是不同深度的水抽出去走的位移是不一样的>抽水的过程 : (1)先考虑深度为 x到xdx 的薄层水抽出去做多少…...
c语言基础:L1-063 吃鱼还是吃肉
国家给出了 8 岁男宝宝的标准身高为 130 厘米、标准体重为 27 公斤;8 岁女宝宝的标准身高为 129 厘米、标准体重为 25 公斤。 现在你要根据小宝宝的身高体重,给出补充营养的建议。 输入格式: 输入在第一行给出一个不超过 10 的正整数 N&am…...
<if> 标签中使用了不正确的语法。在 XML 中,<if> 标签不需要使用 <![CDATA[ ... ]]> 将条件语句包装起来。 否则会报错
标签中使用了不正确的语法。在 XML 中, 标签不需要使用 <![CDATA[ ... ]]> 将条件语句包装起来。 否则会报错...
Ubuntu 诞生 19 年
导读2004 年 10 月 20 日,Ubuntu 4.10 正式发布,代号‘Warty Warthog’。 作为 Ubuntu 第一个版本,4.10 问世后立刻受到广大 Linux 用户欢迎。它搭载了当时最新的 GNOME 2.8 桌面环境,以及一系列实用软件,比如 Mozilla…...
JVM进阶(3)
一)什么是垃圾? 垃圾指的是在应用程序中没有任何指针指向的对象,这个对象就是需要被回收的垃圾,如果不及时的针对内存中的垃圾进行清理,那么这些垃圾对象所占用的内存空间可能一直保留到应用程序结束,被保留的空间无法…...
Qt QWidget、QDialog、QMainWindow的区别
QWidget QWidget是Qt框架中最基础的窗口类,可以理解为用户界面的最基本单元。QWidget类提供了一个空白窗口,可以通过继承该类来创建自定义的窗口类。QWidget类提供了基本的窗口属性和方法,如大小、位置、标题、图标等。 QDialog QDialog是…...
软考 系统架构设计师系列知识点之设计模式(10)
接前一篇文章:软考 系统架构设计师系列知识点之设计模式(9) 所属章节: 老版(第一版)教材 第7章. 设计模式 第2节. 设计模式实例 相关试题 9. 某软件公司欲设计一款图像处理软件,帮助用户对拍…...
【python爬虫】设计自己的爬虫 1. request封装
通过requests.session().request 封装request方法 考虑到请求HTTP/2.0 同时封装httpx 来处理HTTP/2.0的请求 封装requests # 遇到请求失败的情况时 重新请求,请求5次等待2s retry(stop_max_attempt_number5, retry_on_resultlambda re_data: re_data is None, wai…...
8.0 新特性 - innodb_ddl_threads
前言 MySQL 8.0.27 引入了一个新变量来控制 InnoDB 可用于创建(排序和构建)二级索引的最大并行线程数:innodb_ddl_threads 通过调整该参数,可以提升二级索引的创建速度。 参数介绍 1. innodb_ddl_threads 创建二级索引时&…...
pgAdmin 4 v7.8 发布,PostgreSQL 开源图形化管理工具
导读pgAdmin 是 PostgreSQL 领先的开源图形化管理工具。pgAdmin 4 旨在满足新手和有经验的 Postgres 用户的需求,提供强大的图形界面,简化了数据库对象的创建、维护和使用。 pgAdmin 开发团队日前发布了 pgAdmin 4 v7.8 版本,这个版本包括 21…...
Realrek 2.5G交换机 8+1万兆光RTL8373-VB-CG方案简介
新一代2.5G交换机方案RTL8373-VB-CG可以提供4中不同形态 a. 52.5G 电口110G光》RTL8373 b. 52.5G 电口110G电》RTL83738261 c. 82.5G 电口110G光》RTL83738224 d.82.5G 电口110G电口》RTL837382248261 1.概述 Realtek RTL8373-CG是一款低功耗、高性能、高度集成的八端口2.5G和一…...
Linux命令随笔
文章目录 grep命令 grep命令 例如,在Linux系统中,要在当前目录下的所有文件中搜索包含字符串"hello"的行,并显示文件名,可以使用以下命令: grep -r "hello" .其中,"."表示…...
最新版scene-builder安装
JavaFX Scene Builder是一个可视化的布局工具,用于设计JavaFX用户界面。它允许开发人员使用拖放和可视化的方式创建和编辑JavaFX界面,而无需直接编写代码。 JavaFX Scene Builder提供了一个直观的界面,让开发人员可以轻松地创建和修改JavaFX…...
直击电商商城内核!一站式解决方案
作为一家深耕电商运营多年的软件开发公司,我们拥有先进的轻量级电商中台系统,且100%开源,包含B2C、B2B2C、S2B2C、O2O和社区团购等多种商业模式,无论在技术、业务架构、功能、设计还是售后支持上,我们都秉承着追求极致…...
rabbitmq安装、基本使用
docker run -it --rm --name rabbitmq -p 5672:5672 -p 15672:15672 rabbitmq:3.12-management docker会自己下载,然后运行 进入docker: docker exec -it rabbitmq bash 进入容器,重启rabbitmq:rabbitmq-server restart 感觉所有的…...
Amaon CloudFront助力出海业务访问优化
企业的展示网站需要面向多个国家的客户时,由于地理位置的原因。往往会出现一个痛点,网络延迟太高,以至于图片、视频播放时会非常卡顿。客户的访问体验非常差,直接影响到企业收益。此篇文章九河云综合分析Amaon CloudFront…...
python实现ModBusRTU服务端
python实现基于串口通信的ModBusRTU服务端是一件简单的事情,只要通过pymodbus模块和Serial模块就可以实现。...
yum安装node,npm
node官网 yum -y install nodejs npm 查看版本 npm -v node -v卸载 yum -y remove nodejs npm修改镜像源 4.1. 修改淘宝镜像源 set registry https://registry.npm.taobao.org npm config get registr4.2. 修改华为云镜像源 npm config set registry https://mirrors.huaweicl…...
ESM蛋白质语言模型系列
模型总览 第一篇《Biological structure and function emerge from scaling unsupervised learning to 250 million protein sequences 》ESM-1b 第二篇《MSA Transformer》在ESM-1b的基础上作出改进,将模型的输入从单一蛋白质序列改为MSA矩阵,并在Tran…...
XML Group端口详解
在XML数据映射过程中,经常需要对数据进行分组聚合操作。例如,当处理包含多个物料明细的XML文件时,可能需要将相同物料号的明细归为一组,或对相同物料号的数量进行求和计算。传统实现方式通常需要编写脚本代码,增加了开…...
springboot 百货中心供应链管理系统小程序
一、前言 随着我国经济迅速发展,人们对手机的需求越来越大,各种手机软件也都在被广泛应用,但是对于手机进行数据信息管理,对于手机的各种软件也是备受用户的喜爱,百货中心供应链管理系统被用户普遍使用,为方…...
让回归模型不再被异常值“带跑偏“,MSE和Cauchy损失函数在噪声数据环境下的实战对比
在机器学习的回归分析中,损失函数的选择对模型性能具有决定性影响。均方误差(MSE)作为经典的损失函数,在处理干净数据时表现优异,但在面对包含异常值的噪声数据时,其对大误差的二次惩罚机制往往导致模型参数…...
适应性Java用于现代 API:REST、GraphQL 和事件驱动
在快速发展的软件开发领域,REST、GraphQL 和事件驱动架构等新的 API 标准对于构建可扩展、高效的系统至关重要。Java 在现代 API 方面以其在企业应用中的稳定性而闻名,不断适应这些现代范式的需求。随着不断发展的生态系统,Java 在现代 API 方…...
Android写一个捕获全局异常的工具类
项目开发和实际运行过程中难免会遇到异常发生,系统提供了一个可以捕获全局异常的工具Uncaughtexceptionhandler,它是Thread的子类(就是package java.lang;里线程的Thread)。本文将利用它将设备信息、报错信息以及错误的发生时间都…...
客户案例 | 短视频点播企业海外视频加速与成本优化:MediaPackage+Cloudfront 技术重构实践
01技术背景与业务挑战 某短视频点播企业深耕国内用户市场,但其后台应用系统部署于东南亚印尼 IDC 机房。 随着业务规模扩大,传统架构已较难满足当前企业发展的需求,企业面临着三重挑战: ① 业务:国内用户访问海外服…...
【Java】Ajax 技术详解
文章目录 1. Filter 过滤器1.1 Filter 概述1.2 Filter 快速入门开发步骤:1.3 Filter 执行流程1.4 Filter 拦截路径配置1.5 过滤器链2. Listener 监听器2.1 Listener 概述2.2 ServletContextListener3. Ajax 技术3.1 Ajax 概述3.2 Ajax 快速入门服务端实现:客户端实现:4. Axi…...
AT模式下的全局锁冲突如何解决?
一、全局锁冲突解决方案 1. 业务层重试机制(推荐方案) Service public class OrderService {GlobalTransactionalRetryable(maxAttempts 3, backoff Backoff(delay 100))public void createOrder(OrderDTO order) {// 库存扣减(自动加全…...
02-性能方案设计
需求分析与测试设计 根据具体的性能测试需求,确定测试类型,以及压测的模块(web/mysql/redis/系统整体)前期要与相关人员充分沟通,初步确定压测方案及具体的性能指标QA完成性能测试设计后,需产出测试方案文档发送邮件到项目组&…...
Async-profiler 内存采样机制解析:从原理到实现
引言 在 Java 性能调优的工具箱中,async-profiler 是一款备受青睐的低开销采样分析器。它不仅能分析 CPU 热点,还能精确追踪内存分配情况。本文将深入探讨 async-profiler 实现内存采样的多种机制,结合代码示例解析其工作原理。 为什么需要内…...

