首发,pm3包,一个用于多组(3组)倾向评分匹配的R包
目前,本人写的第二个R包pm3包已经正式在CRAN上线,用于3组倾向评分匹配,只能3组不能多也不能少。
可以使用以下代码安装
install.packages("pm3")
什么是倾向性评分匹配?倾向评分匹配(Propensity Score Matching,简称PSM)是一种统计学方法,用于处理观察研究(Observational Study)的数据,在SCI文章中应用非常广泛。在观察研究中,由于种种原因,数据偏差(bias)和混杂变量(confounding variable)较多,倾向评分匹配的方法正是为了减少这些偏差和混杂变量的影响,以便对实验组和对照组进行更合理的比较。
为什么需要做倾向评分匹配?
我们知道RCT的证据力度高,是因为对患者进行了严格的筛选。我们的回顾性研究都是过去的数据,很难像RCT一样进行严格的筛选出两组患者基线相近的基础资料,但我们可以通过倾向评分匹配把回归性的数据进行筛选,把基线资料相近的患者进行匹配,得到近似RCT的效果。
应用场景
1.基线资料不平
2.开展病例对照研究病阳性例数较少,如罕见病研究
3.将众多混杂因素变为一个变量:倾向值
以下为一个实例,没进行匹配前两组患者基线资料相差很大,进行倾向评分匹配后,基线资料近似一致了
目前进行3组倾向评分的R包据我所知,几乎没有,我这个应该也算是开创了把,算法来源于下面两篇参考文献,我既往也写了关于文章《R语言3组患者倾向性评分匹配(PSM)》,想了解做法的可以看看,但是蛮多人看了文章也做不出来,于是我有了写包的想法,这也是在文章末尾答应大家的,也算说到做到了把
感谢付费的朋友们,这也算支持我继续前进的动力吧。感谢原创作者无私提供方法,我只是把方法用代码呈现出来,理论的探讨不要来问我。这里我还要提一句,我对作者的方法进行了一定改进、优化,原作者的方法,协变量的分类变量只能是2分类的,我这里多分类的都可以了。
下面来进行pm3包的用法演示,我们先导入R包和数据,pm3包有我内置的早产数据,我们直接导入就可以了
library(pm3)
bc<-prematurity
这是一个关于早产低体重儿的数据(公众号回复:早产数据,也可以获得该数据),低于2500g被认为是低体重儿。数据解释如下:low 是否是小于2500g早产低体重儿,age 母亲的年龄,lwt 末次月经体重,race 种族,smoke 孕期抽烟,ptl 早产史(计数),ht 有高血压病史,ui 子宫过敏,ftv 早孕时看医生的次数,bwt 新生儿体重数值。
假设我们研究的是有不同种族(race)对生出低体重儿(low)的影响。需要对3个种族进行基线资料倾向评分匹配
现在我们不需要像既往一样进行一大堆复杂操作,直接一句话代码,就搞定了
g<-pm3(data=bc,x="race",y="low",covs=c("age","lwt","ptl"),factor=c("ui","low"))
这句代码我来解释一下,因为我们是靠逻辑回归模型生成评分的,所以要定义一个回归模型的变量:data就是你的数据,x就是你要比较的变量,我们这里是race,y是你要比较的结局变量,covs是协变量的意思,填入你模型模型中的协变量,包括连续的和分类的,这里是"age",“lwt”,“ptl”,最后factor是定义你数据中的分类变量,这里有个小问题,factor你要是没有可以不填,填的话最少要填两个,不然会报错,这个问题在后期版本修正。我这里本来只有ui这个分类变量,怕报错我加了low,或者加race也可以,都不影响的.
执行代码后就生成了g
g是一个列表数据文件,我们可以看到生成了3个我们匹配好的数据文件,每个文件26个数据,和文章《R语言3组患者倾向性评分匹配(PSM)》做出来的一模一样。mbc是这是3个匹配好的文件合并后的数据
我们把mbc提取出来
mbc<-g[["mbc"]]
下面我们进行匹配前和匹配后的比较。导入tableone包
library(tableone)
定义全部变量和分类变量
allVars <-c("age", "lwt", "ptl","ht")
fvars<-c("ht")
进行比较
tab2 <- CreateTableOne(vars = allVars, strata = "race" ,
data = bc, factorVars=fvars,addOverall = TRUE )
print(tab2,smd = TRUE)
tab1 <- CreateTableOne(vars = allVars, strata = "race" ,
data = mbc, factorVars=fvars,addOverall = TRUE )
print(tab1,smd = TRUE)
我们可以看到,P值变大了,smd变小了,匹配效果很好,最后想说一句,倾向性匹配也不是万能的,不可能把所有的变量配平。
参考文献:
- 邓强庭, 王宏, 张雷达,等. 无序多分组数据的倾向性评分匹配算法设计及R程序实现[J]. 现代预防医学, 2021, 48(15):5.
- [1]邬顺全, 吴骋, 贺佳. 倾向性评分匹配法在多分类数据中的比较和应用[J]. 中国卫生信息管理杂志, 2013(5):448-451.
相关文章:

首发,pm3包,一个用于多组(3组)倾向评分匹配的R包
目前,本人写的第二个R包pm3包已经正式在CRAN上线,用于3组倾向评分匹配,只能3组不能多也不能少。 可以使用以下代码安装 install.packages("pm3")什么是倾向性评分匹配?倾向评分匹配(Propensity Score Match…...

基于Canal的数据同步
基于Canal的数据同步 一、 系统结构 该数据同步系统由Spring Boot和Canal共同组成。 Spring Boot 是一个流行的 Java Web 框架,而 Canal 则是阿里巴巴开源的 MySQL 数据库的数据变更监听框架。结合 Spring Boot 和 Canal,可以实现 MySQL 数据库的实时数…...

vuetify设置页面默认主题色
前言 最近工作中接到一个任务: 项目中分light和dark两种主题色a、b页面默认为dark其他页面默认为light 项目前端环境: vue2jsyarnvuexvuetifyelement ui 解决思路 routerjs中配置路径时进行默认主题设置 在左侧aside点击菜单时,进行主题切…...
【Python入门第二十三天】Python 继承
Python 继承 继承允许我们定义继承另一个类的所有方法和属性的类。 父类是继承的类,也称为基类。 子类是从另一个类继承的类,也称为派生类。 创建父类 任何类都可以是父类,因此语法与创建任何其他类相同: 实例 创建一个名为…...
C#中,读取一个或多个文件内容的方法
读取一个或多个文件内容的方法 在C#中,可以使用File.ReadAllLines方法一次读取多个文件中的所有行内容。例如,以下代码读取了两个文件中的所有行内容,然后将它们合并在一起: string[] file1Lines File.ReadAllLines("file1…...

1 基于神经辐射场(neural Radiance Fileds, Nerf)的三维重建- 简介
Nerf简介 Nerf(neural Radiance Fileds) 为2020年ICCV上提出的一个基于隐式表达的三维重建方法,使用2D的 Posed Imageds 来生成(表达)复杂的三维场景。现在越来越多的研究人员开始关注这个潜力巨大的领域,也…...

水果FLStudio21.0.0中文版全能数字音乐工作站DAW
FL Studio 21.0.0官方中文版重磅发布纯正简体中文支持,更快捷的音频剪辑及素材管理器,多样主题随心换!Mac版新增对苹果M2/1家族芯片原生支持。编曲、剪辑、录音、混音,20余年的技术积淀和实力研发,FL Studio 已经从电音…...

【GlobalMapper精品教程】055:GM坐标转换器的巧妙使用
GM软件提供了一个简单实用的坐标转换工具,可以实现地理坐标和投影坐标之间的高斯正反算及多种转换计算。 文章目录 一、坐标转换器认识二、坐标转换案例1. 地理坐标←→地理坐标2. 地理坐标←→投影坐标三、在输出坐标上创建新的点四、其他转换工具的使用一、坐标转换器认识 …...
C语言之中rand()函数是如何实现的
rand()函数是一个C标准库中的随机数生成函数,用于生成一个范围在0到RAND_MAX之间的伪随机数。RAND_MAX是一个常量,它是随机数的最大值,通常被定义为32767。 rand()函数的实现原理可以概括为以下几个步骤: 初始化随机数生成器 在…...

winform控件PropertyGrid的应用(使运行中的程序能像vistual studio那样设置控件属性)
上周在看别人写的上位机demo代码时,发现创建的项目模板是"Windows 窗体控件库"(如下图) 生成的项目结构像自定义控件库,没有程序入口方法Main,但却很神奇能调试,最后发现原来Vistual Studio启动了一个外挂程序UserContr…...

SBUS的协议详解
SBUS 1.串口配置: 100k波特率, 8位数据位(在stm32中要选择9位), 偶校验(EVEN), 2位停止位, 无控流,25个字节, 2.协议格式: [startbyte] [data1][data2]……...

【PyTorch】教程:torch.nn.Hardshrink
torch.nn.Hardshrink CLASS torch.nn.Hardshrink(lambd0.5) 参数 lambd ([float]) – the λ\lambdaλ 默认为 0.5 定义 HardShrink(x){x,if x>λx,if x<−λ0,otherwise \text{HardShrink}(x) \begin{cases} x, & \text{ if } x > \lambda \\ x, & \text{…...

JavaScript 函数参数
JavaScript 函数对参数的值(arguments)没有进行任何的检查。JavaScript 函数参数与大多数其他语言的函数参数的区别在于:它不会关注有多少个参数被传递,不关注传递的参数的数据类型。函数显式参数与隐藏参数(arguments)在先前的教程中,我们已…...
【C】标准IO库函数
fopen/fclose #include <stdio.h>FILE *fopen(const char *path, const char *mode); 返回值:成功返回文件指针,出错返回NULL并设置errnoint fclose(FILE *fp); 返回值:成功返回0,出错返回EOF并设置errnomode参数是一个字符…...

http客户端Feign
Feign替代RestTemplate RestTemplate方式调用存在的缺陷 String url"http://userservice/user/"order.getUserId();User user restTemplate.getForObject(url, User.class); 代码可读性差,变成体验不统一; 参数复杂的时候URL难以维护。 &l…...
如何在Java中使用枚举类:从入门到进阶
枚举类是Java中一种特殊的数据类型,它允许我们将一组有限的值作为一组常量来使用,这些常量在代码中具有固定的名称和类型。在Java中,枚举类通常用于代表状态、选项和类别等具有离散值的变量。本篇博客将深入探讨Java中的枚举类,包…...
操作系统(1.2)--引论
目录 一、操作系统的基本特性 1.并发性 1.1 并行与并发 1.2 引入进程 2.共享性 2.1 互斥共享方式 2.3 同时访问方式 3.虚拟 3.1 时分复用技术 4. 异 步 二、操作系统的主要功能 1.处理机管理功能 1.1 进程控制 1.2 进程同步 1.3 进程通信 1.4 调度 2. 内…...
【Linux】 shell if的[]和[[]]区别
文章目录[]和test[]和[[]]区别总结参考[]和test Shell中的 test 命令用于检查某个条件是否成立,它可以进行数值、字符和文件三个方面的测试 test常用于 if ,作为判断条件,if test等价于 if [ ],因此,test和[] 内的内…...
利用flask解析海康摄像头视频
利用flask解析海康摄像头视频利用flask解析海康摄像头和大华摄像头的视频一、安装依赖包二、获取海康摄像头视频流三、将视频流输出到Web页面四、 创建HTML模板文件利用flask解析海康摄像头和大华摄像头的视频 作为AI智能的一种应用场景,视频监控系统已经在各个行业…...
./docker-compose.yml‘ is invalid
文章目录前言提示原因版本太低解决方法更新删除原来不能执行的/usr/local/bin/docker-compose下载安装docker-compose添加权限前言 安装ctfd过程中的一些报错 rootubuntu:/CTFd# docker-compose up -d ERROR: The Compose file ./docker-compose.yml is invalid because: net…...
HTML 语义化
目录 HTML 语义化HTML5 新特性HTML 语义化的好处语义化标签的使用场景最佳实践 HTML 语义化 HTML5 新特性 标准答案: 语义化标签: <header>:页头<nav>:导航<main>:主要内容<article>&#x…...

阿里云ACP云计算备考笔记 (5)——弹性伸缩
目录 第一章 概述 第二章 弹性伸缩简介 1、弹性伸缩 2、垂直伸缩 3、优势 4、应用场景 ① 无规律的业务量波动 ② 有规律的业务量波动 ③ 无明显业务量波动 ④ 混合型业务 ⑤ 消息通知 ⑥ 生命周期挂钩 ⑦ 自定义方式 ⑧ 滚的升级 5、使用限制 第三章 主要定义 …...
系统设计 --- MongoDB亿级数据查询优化策略
系统设计 --- MongoDB亿级数据查询分表策略 背景Solution --- 分表 背景 使用audit log实现Audi Trail功能 Audit Trail范围: 六个月数据量: 每秒5-7条audi log,共计7千万 – 1亿条数据需要实现全文检索按照时间倒序因为license问题,不能使用ELK只能使用…...

蓝牙 BLE 扫描面试题大全(2):进阶面试题与实战演练
前文覆盖了 BLE 扫描的基础概念与经典问题蓝牙 BLE 扫描面试题大全(1):从基础到实战的深度解析-CSDN博客,但实际面试中,企业更关注候选人对复杂场景的应对能力(如多设备并发扫描、低功耗与高发现率的平衡)和前沿技术的…...
在四层代理中还原真实客户端ngx_stream_realip_module
一、模块原理与价值 PROXY Protocol 回溯 第三方负载均衡(如 HAProxy、AWS NLB、阿里 SLB)发起上游连接时,将真实客户端 IP/Port 写入 PROXY Protocol v1/v2 头。Stream 层接收到头部后,ngx_stream_realip_module 从中提取原始信息…...
TRS收益互换:跨境资本流动的金融创新工具与系统化解决方案
一、TRS收益互换的本质与业务逻辑 (一)概念解析 TRS(Total Return Swap)收益互换是一种金融衍生工具,指交易双方约定在未来一定期限内,基于特定资产或指数的表现进行现金流交换的协议。其核心特征包括&am…...

2025盘古石杯决赛【手机取证】
前言 第三届盘古石杯国际电子数据取证大赛决赛 最后一题没有解出来,实在找不到,希望有大佬教一下我。 还有就会议时间,我感觉不是图片时间,因为在电脑看到是其他时间用老会议系统开的会。 手机取证 1、分析鸿蒙手机检材&#x…...

《基于Apache Flink的流处理》笔记
思维导图 1-3 章 4-7章 8-11 章 参考资料 源码: https://github.com/streaming-with-flink 博客 https://flink.apache.org/bloghttps://www.ververica.com/blog 聚会及会议 https://flink-forward.orghttps://www.meetup.com/topics/apache-flink https://n…...
OpenPrompt 和直接对提示词的嵌入向量进行训练有什么区别
OpenPrompt 和直接对提示词的嵌入向量进行训练有什么区别 直接训练提示词嵌入向量的核心区别 您提到的代码: prompt_embedding = initial_embedding.clone().requires_grad_(True) optimizer = torch.optim.Adam([prompt_embedding...
Spring AI与Spring Modulith核心技术解析
Spring AI核心架构解析 Spring AI(https://spring.io/projects/spring-ai)作为Spring生态中的AI集成框架,其核心设计理念是通过模块化架构降低AI应用的开发复杂度。与Python生态中的LangChain/LlamaIndex等工具类似,但特别为多语…...