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百度地图广告投放,推广关键词优化公司,做网站的成本是什么,淘宝店铺装网站导航怎么做1写在前面 天气开始暖和了☀️,发现旅游的人好多啊!~🥲 不知道自己什么时候能有时间出去看看外面的世界,实在是太忙了。😷 最近用到的有个包感觉很不错,分享给大家,funkyheatmap包。&#x1f61…

1写在前面

天气开始暖和了☀️,发现旅游的人好多啊!~🥲

不知道自己什么时候能有时间出去看看外面的世界,实在是太忙了。😷

最近用到的有个包感觉很不错,分享给大家,funkyheatmap包。😘

完美可视化数据,包括字符型和数值型。🤩


这个包是出自Nature Biotechnology中,文章在这里:👇

Saelens, W., Cannoodt, R., Todorov, H. et al. A comparison of single-cell trajectory inference methods. Nat Biotechnol 37, 547–554 (2019). https://doi.org/10.1038/s41587-019-0071-9 IF: 68.164 Q1 IF: 68.164 Q1


alt

颜值还是蛮高的,大家学起来啊,可以用来可视化临床信息的baseline基因的基本信息等等。🥰

alt

2用到的包

rm(list = ls())
library(tidyverse)
library(funkyheatmap)

3示例数据

今天用到的是diamonds数据,非常经典的dataset。😙

dat1 <- diamonds %>% 
rownames_to_column(., "id") %>%
head(20)

DT::datatable(dat1)
alt

4简单可视化

大家直接使用funky_heatmap即可,是不是颜值还不错。😜

funky_heatmap(dat1, 
column_info = NULL,
row_info = NULL,
column_groups = NULL,
row_groups = NULL,
palettes = NULL,
scale_column = T,
add_abc = T,
col_annot_offset = 3,
col_annot_angle = 35,
removed_entries = NULL,
expand = c(xmin = 0, xmax = 2, ymin = 0, ymax = 0)
)
alt

5复杂绘图

我们再复现一下这篇Nature Biotechnology上的图吧,需要用到kableExtra包内的数据。🤩

5.1 加载数据

library(kableExtra)

data("dynbenchmark_data")

5.2 查看数据

看一下数据类型吧。😘

dat2 <- dynbenchmark_data$data
dat2[,1:12]
alt

5.3 提取列名

数据太大,我们先只提取其中几列进行可视化吧。😷

preview_cols <- c(
"id",
"method_source",
"method_platform",
"benchmark_overall_norm_correlation",
"benchmark_overall_norm_featureimp_wcor",
"benchmark_overall_norm_F1_branches",
"benchmark_overall_norm_him",
"benchmark_overall_overall"
)
dat2[,preview_cols]
alt

5.4 初步绘图

funky_heatmap(dat2[,preview_cols])
alt

5.5 列信息

提取一下列信息,后面会用到。🤒

column_info <- dynbenchmark_data$column_info
column_info
alt

5.6 再次可视化

data都输入进去吧,再画一下图看看,颜值高多啦。😂

funky_heatmap(dat2, column_info = column_info)
alt

5.7 列的分组信息

column_groups <- dynbenchmark_data$column_groups
column_groups
alt

5.8 行信息

row_info <- dynbenchmark_data$row_info
row_info
alt

5.9 行的分组信息

row_groups <- dynbenchmark_data$row_groups
row_groups
alt

5.10 分组配色

我们给不同分组配上不同的配色。🤩

palettes <- dynbenchmark_data$palettes
print(palettes)
alt

5.11 最终可视化

Perfect!~⭐️

颜值很高,大家都冲啊!~🥳

funky_heatmap(
data = dat2,
column_info = column_info,
column_groups = column_groups,
row_info = row_info,
row_groups = row_groups,
palettes = palettes,
col_annot_offset = 3.2
)
alt

alt
最后祝大家早日不卷!~

点个在看吧各位~ ✐.ɴɪᴄᴇ ᴅᴀʏ 〰

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