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【单细胞数据库】癌症单细胞数据库CancerSEA

news 文章来源：https://blog.csdn.net/dundunmm/article/details/144167181 2025/1/11 7:15:27

数据库地址：home (hrbmu.edu.cn)

Cite

Huating Yuan, Min Yan, Guanxiong Zhang, Wei Liu, Chunyu Deng, Gaoming Liao, Liwen Xu, Tao Luo, Haoteng Yan, Zhilin Long, Aiai Shi, Tingting Zhao, Yun Xiao, Xia Li, CancerSEA: a cancer single-cell state atlas, Nucleic Acids Research, Volume 47, Issue D1, 08 January 2019, Pages D900–D908, CancerSEA: a cancer single-cell state atlas | Nucleic Acids Research | Oxford Academic

CancerSEA简介
单细胞RNA测序（ScRNA-seq）为探索癌细胞的功能异质性提供了前所未有的机会。CancerSEA是第一个专门的数据库，旨在全面解码癌细胞在单细胞分辨率下的不同功能状态。

CancerSEA的功能

  • 提供癌症单细胞功能状态图谱，涵盖来自25种癌症类型的41,900个癌症单细胞的14种功能状态。
  • 查询感兴趣的基因（包括蛋白编码基因（PCG）和长链非编码RNA（lncRNA））或基因列表在不同癌症类型中的功能状态关联。
  • 提供与功能状态高度相关的PCG/lncRNA库，具有单细胞分辨率。

CancerSEA 的优点：

  1. 高分辨率数据：CancerSEA 提供的单细胞数据具有高分辨率，使研究人员能够更精确地理解每个细胞的功能状态，而非简单地依赖于群体水平的数据。

  2. 多癌症类型覆盖：数据库涵盖了 25 种不同类型的癌症，并提供来自各类型癌症的单细胞功能状态数据，具有广泛的适用性。

  3. 帮助癌症机制研究：通过揭示癌细胞在不同功能状态下的行为，CancerSEA 有助于推动癌症生物学和机制的研究，可能为癌症的早期诊断、靶向治疗和精准医疗提供新的思路。

  4. 高通量基因功能分析：CancerSEA 使得基因功能状态的查询和分析变得更加高效，研究人员可以快速获取与特定功能状态相关的基因信息，节省了大量的实验时间和资源。

网站布局

CancerSEA提供功能状态，种类如下：

点击进入之后，可以看到血管生成活性与相关基因库在所有癌症类型中的数据

  1. 血管生成活性在所有癌症类型中的数据
    CancerSEA 提供了有关血管生成活性的数据，涵盖了不同类型癌症中的血管生成相关信息。用户可以查看每种癌症类型中血管生成的活性水平，并深入了解这些活动与癌症生物学之间的关系。

  2. 查看血管生成相关的基因库
    用户可以点击特定的癌症类型或数据集，浏览与血管生成相关的基因库。这些基因库包括与血管生成过程密切相关的蛋白编码基因（PCG）和长链非编码RNA（lncRNA），为研究人员提供了深入分析血管生成的基因基础。

通过这些功能，CancerSEA 使得用户能够深入探索各癌症类型中血管生成活性的差异以及与之相关的基因，为癌症机制研究和靶向治疗策略提供重要的信息。

CancerSEA 为癌症研究人员提供了一个强大的工具，使他们能够在单细胞水平上深入分析癌症细胞的功能异质性，从而促进癌症相关生物学的发现和临床应用。

收藏，收藏！

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