Linux下安装JET2
0. 说明:
JET2是一个基于Joint Evolutionary Trees的利用序列和结构信息预测蛋白质界面的软件,详情见: http://www.lcqb.upmc.fr/JET2/JET2.html,http://www.lgm.upmc.fr/JET/JET.html 和 https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1004580
本文是在使用SGPPI的时候需要用到JET2预测蛋白质界面,所以稍加记录。
JET2的运行依赖 Java6, ClustalW v2.1, Naccess v2.1.1 和 PSI-BLAST。
1. 安装依赖:
我在运行JET2的时候,用的Java版本不是Java6,由于不需要进行编译,所以问题不大,如果有重新编译的需求,建议装Java6。
1.1 ClustalW:
直接从 http://www.clustal.org/download/current/ 下载所需版本的ClustalW(我这里直接用的是clustalw-2.1-linux-x86_64-libcppstatic.tar.gz),解压即可运行,无需重新编译安装。
1.2 Naccess:
从 http://www.bioinf.manchester.ac.uk/naccess/ 下载 Naccess,但是需要给作者发邮件,然后获得解压密钥。解压完成之后,运行csh install.scr(如果没有csh命令,需要sudo apt install csh安装csh),如果安装 Naccess 报错,可以去看 README 文件,里面有给出解决办法(如下图所示):

1.3 PSI-BLAST:
PSI-BLAST的安装可见:http://t.csdnimg.cn/ZR0Tk
2. 下载和安装JET2:
2.1 下载:
从官网上下载JET2(http://www.lcqb.upmc.fr/JET2/package/,下载 JET2.zip 文件)。
2.2 安装:
将下载好的JET2.zip文件进行解压,之后在 ~/.bachrc中写入export JET2_PATH = path_of_JET2_HOME_directory(path_of_JET2_HOME_directory换成JET2所在的目录)。
2.3 测试:
根据 java -cp $JET2_PATH:$JET2_PATH/jet/extLibs/vecmath.jar jet.JET 运行JET2,如果可以运行,则安装成功。
2.4 示例步骤:
1). 新建目录,并将蛋白质的PDB文件放到该目录中;
2). 编辑 default.conf 配置文件,主要是修改安装的依赖程序(ClustalW,Naccess,PSI-BLAST)所在目录以及对应的数据库所在目录。
**3). 根据 **
java -cp $JET2_PATH:$JET2_PATH/jet/extLibs/vecmath.jar jet.JET -c <default.conf> -i <struct.pdb> -o `pwd` -p AVJC -r local -a 3 -d chain
运行JET2(其中<default.conf>替换成default.conf,<struct.pdb>替换成目标蛋白的PDB文件,pwd替换成结果输出的目录。)
3. 注意事项:
需要注意的是:PSI-BLAST默认使用的是nr数据库,如果换成别的数据库,需要对 jet/JetAnalysis.java 进行修改后重新编译。
4. 参考:
[1]. http://www.lcqb.upmc.fr/JET2/JET2.html
[2]. http://www.lgm.upmc.fr/JET/JET.html
[3]. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1004580
[4]. http://www.clustal.org/download/current/
[5]. http://www.bioinf.manchester.ac.uk/naccess/
[6]. http://www.lcqb.upmc.fr/JET2/package/
相关文章:
Linux下安装JET2
0. 说明: JET2是一个基于Joint Evolutionary Trees的利用序列和结构信息预测蛋白质界面的软件,详情见: http://www.lcqb.upmc.fr/JET2/JET2.html,http://www.lgm.upmc.fr/JET/JET.html 和 https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1004580 本…...
【PostgreSQL】表管理-表继承
PostgreSQL 表继承 PostgreSQL 实现了表继承,这对于数据库设计人员来说是一个有用的工具。(SQL:1999 及更高版本定义了类型继承功能,该功能在许多方面与此处描述的功能不同。 让我们从一个例子开始:假设我们正在尝试…...
Dijkstra算法——邻接矩阵实现+路径记录
本文是在下面这篇文章的基础上做了一些补充,增加了路径记录的功能。具体Dijkstra的实现过程可以参考下面的这篇文章。 [jarvan:Dijkstra算法详解 通俗易懂](Dijkstra算法详解 通俗易懂 - jarvan的文章 - 知乎 https://zhuanlan.zhihu.com/p/338414118) …...
Vim基础操作
参考B站UP:正月点灯笼 vim入门教程(共3讲) 以下总结,部分搬运自评论区,楼主:-不是飞鱼QAQ,修改部分内容。 vim分为 命令 和 编辑 模式 i进入编辑模式( - - INSERT - - )…...
Mac上安装 Node.js 的版本管理工具 n,以及 n 使用,的使用
安装 最近刚更换 Mac 本进行项目的开发,刚上手 Mac 本还不是很熟练,需要安装 Node.js 的包管理工具 在 Windows 上我是实用的 nvm 来管理的 Node 版本,但是我尝试下载 Nvm ,发现下载安装后的 Nvm 无法使用,提示 “Th…...
Node.js和npm
目录 01_Node.js01.什么是 Node.js目标讲解小结 02.fs模块-读写文件目标讲解小结 03.path模块-路径处理目标讲解小结 04.案例-压缩前端html目标讲解小结 05.认识URL中的端口号目标讲解小结 06.http模块-创建Web服务目标讲解小结 07.案例-浏览时钟目标讲解小结 02_Node.js模块化…...
leetcode每日一题43
116. 填充每个节点的下一个右侧节点指针 层序遍历嘛 /* // Definition for a Node. class Node { public:int val;Node* left;Node* right;Node* next;Node() : val(0), left(NULL), right(NULL), next(NULL) {}Node(int _val) : val(_val), left(NULL), right(NULL), next(N…...
每天刷两道题——第十天
1.1和为k的子数组 给你一个整数数组 n u m s nums nums 和一个整数 k k k ,请你统计并返回 该数组中和为 k k k 的子数组的个数 。子数组是数组中元素的连续非空序列。 输入:nums [1,2,3], k 3 输出:2 前缀和 1.2如何使用 前缀和的…...
C语言入门教程,C语言学习教程(第一部分:编程基础 )一
C语言是一门面向过程的编译型语言,它的运行速度极快,仅次于汇编语言。C语言是计算机产业的核心语言,操作系统、硬件驱动、关键组件、数据库等都离不开C语言;不学习C语言,就不能了解计算机底层。 这套「C语言入门教程」…...
uniapp微信小程序投票系统实战 (SpringBoot2+vue3.2+element plus ) -用户信息修改实现
锋哥原创的uniapp微信小程序投票系统实战: uniapp微信小程序投票系统实战课程 (SpringBoot2vue3.2element plus ) ( 火爆连载更新中... )_哔哩哔哩_bilibiliuniapp微信小程序投票系统实战课程 (SpringBoot2vue3.2element plus ) ( 火爆连载更新中... )共计21条视频…...
C语言PDF编程书籍下载
[C.Primer.Plus(第6版)中文版].(美)普拉达.扫描版.pdf 链接: https://pan.baidu.com/s/1difCyykkBdLqgLu32PgYLw 密码: tv05 C语言程序设计教程_基于Visual.Cpp.6.0环境.pdf 链接: https://pan.baidu.com/s/1q3nRrRJyUd4H3Yp_PgA…...
VScode/Xshell连接学校服务器
vscode连学校服务器 1.连接atrust VPN2.Xshell连接服务器2.1创建一个自己的用户 3.xftp传文件4.vscode连接服务器4.1下载remote-ssh4.2连接服务器4.3激活conda环境4.4运行代码 5. pytorch版本不兼容解决方案 1.连接atrust VPN 如果是使用的是校园网,可以不连接 2…...
46 WAF绕过-信息收集之反爬虫延时代理池技术
目录 简要本章具体内容和安排缘由简要本课具体内容和讲课思路简要本课简要知识点和具体说明演示案例:Safedog-默认拦截机制分析绕过-未开CCSafedog-默认拦截机制分析绕过-开启CC总结: Aliyun_os-默认拦截机制分析绕过-简要界面BT(防火墙插件)-默认拦截机制分析绕过-…...
[Markdown] Markdown常用快捷键分类汇总
文章目录 Markdown1、标题2、列表3、强调4、链接和图片5、代码和公式6、表格和任务列表7、引用8、分割线9、脚注10、目录11、注释12、定义 Markdown Markdown是一种轻量级的标记语言,可以让你用简单的语法来编写格式丰富的文档。 Markdown编辑器是一种专门用于编辑…...
uniapp自定义封装只有时分秒的组件,时分秒范围选择
说实话,uniapp和uview的关于只有时分秒的组件实在是不行。全是日历,但是实际根本就不需要日历这玩意。百度了下,终于看到了一个只有时分秒的组件。原地址:原地址,如若侵犯请联系我删除 <template><view clas…...
SpringBoot 中 @Transactional 注解的使用
一、基本介绍 事务管理是应用系统开发中必不可少的一部分。Spring 为事务管理提供了丰富的功能支持。Spring 事务管理分为编程式和声明式的两种方式。本篇只说明声明式注解。 1、在 spring 项目中, Transactional 注解默认会回滚运行时异常及其子类,其它范…...
【还不了解 Dockerfile 的同学不是好测试人】
近年来 Docker 非常火,想要玩好 Docker 的话 Dockerfile 是绕不开的,这就好比想要玩好 Linux 服务器绕不开 shell 道理是一样的。 今天我们就来聊一聊 Dockerfile 怎么写,那些指令到底是什么意思。 前言 一、先来看一个简单的 Dockerfile #这…...
新手一键重装系统Win10步骤教程
如果我们发现电脑上的操作系统出现很严重的问题,不能通过简单的操作解决,这时候就可以选择重新安装电脑系统,快速解决问题。但是,新手用户不具备专业的装机知识,不知道重装Win10系统要怎么操作?那么可以按照…...
Ceph源码分析-在C++中,符号““和“*“有不同的用法。
在C中,符号"&"和"*"有不同的用法。 "&"符号: 在变量声明时,"&"用于定义引用类型。例如:int a 10; int& ref a; 这里的"ref"是一个引用,它引用了…...
Azure AI 内容安全Content Safety Studio实战
Azure AI Content Safety 检测应用程序和服务中用户生成和 AI 生成的有害内容。 Azure AI 内容安全包括文本和图像 API,可用于检测有害材料。 交互式 Content Safety Studio,可用于查看、浏览和试用用于检测不同形式的有害内容的示例代码。 关注TechLead…...
[特殊字符] 智能合约中的数据是如何在区块链中保持一致的?
🧠 智能合约中的数据是如何在区块链中保持一致的? 为什么所有区块链节点都能得出相同结果?合约调用这么复杂,状态真能保持一致吗?本篇带你从底层视角理解“状态一致性”的真相。 一、智能合约的数据存储在哪里…...
盘古信息PCB行业解决方案:以全域场景重构,激活智造新未来
一、破局:PCB行业的时代之问 在数字经济蓬勃发展的浪潮中,PCB(印制电路板)作为 “电子产品之母”,其重要性愈发凸显。随着 5G、人工智能等新兴技术的加速渗透,PCB行业面临着前所未有的挑战与机遇。产品迭代…...
Qt Widget类解析与代码注释
#include "widget.h" #include "ui_widget.h"Widget::Widget(QWidget *parent): QWidget(parent), ui(new Ui::Widget) {ui->setupUi(this); }Widget::~Widget() {delete ui; }//解释这串代码,写上注释 当然可以!这段代码是 Qt …...
Objective-C常用命名规范总结
【OC】常用命名规范总结 文章目录 【OC】常用命名规范总结1.类名(Class Name)2.协议名(Protocol Name)3.方法名(Method Name)4.属性名(Property Name)5.局部变量/实例变量(Local / Instance Variables&…...
多种风格导航菜单 HTML 实现(附源码)
下面我将为您展示 6 种不同风格的导航菜单实现,每种都包含完整 HTML、CSS 和 JavaScript 代码。 1. 简约水平导航栏 <!DOCTYPE html> <html lang"zh-CN"> <head><meta charset"UTF-8"><meta name"viewport&qu…...
什么?连接服务器也能可视化显示界面?:基于X11 Forwarding + CentOS + MobaXterm实战指南
文章目录 什么是X11?环境准备实战步骤1️⃣ 服务器端配置(CentOS)2️⃣ 客户端配置(MobaXterm)3️⃣ 验证X11 Forwarding4️⃣ 运行自定义GUI程序(Python示例)5️⃣ 成功效果 的算法。 class Solution {public int searchInsert(int[] nums, …...
pikachu靶场通关笔记19 SQL注入02-字符型注入(GET)
目录 一、SQL注入 二、字符型SQL注入 三、字符型注入与数字型注入 四、源码分析 五、渗透实战 1、渗透准备 2、SQL注入探测 (1)输入单引号 (2)万能注入语句 3、获取回显列orderby 4、获取数据库名database 5、获取表名…...
WPF八大法则:告别模态窗口卡顿
⚙️ 核心问题:阻塞式模态窗口的缺陷 原始代码中ShowDialog()会阻塞UI线程,导致后续逻辑无法执行: var result modalWindow.ShowDialog(); // 线程阻塞 ProcessResult(result); // 必须等待窗口关闭根本问题:…...
五子棋测试用例
一.项目背景 1.1 项目简介 传统棋类文化的推广 五子棋是一种古老的棋类游戏,有着深厚的文化底蕴。通过将五子棋制作成网页游戏,可以让更多的人了解和接触到这一传统棋类文化。无论是国内还是国外的玩家,都可以通过网页五子棋感受到东方棋类…...
