Linux下安装JET2
0. 说明:
JET2是一个基于Joint Evolutionary Trees的利用序列和结构信息预测蛋白质界面的软件,详情见: http://www.lcqb.upmc.fr/JET2/JET2.html,http://www.lgm.upmc.fr/JET/JET.html 和 https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1004580
本文是在使用SGPPI的时候需要用到JET2预测蛋白质界面,所以稍加记录。
JET2的运行依赖 Java6, ClustalW v2.1, Naccess v2.1.1 和 PSI-BLAST。
1. 安装依赖:
我在运行JET2的时候,用的Java版本不是Java6,由于不需要进行编译,所以问题不大,如果有重新编译的需求,建议装Java6。
1.1 ClustalW:
直接从 http://www.clustal.org/download/current/ 下载所需版本的ClustalW(我这里直接用的是clustalw-2.1-linux-x86_64-libcppstatic.tar.gz
),解压即可运行,无需重新编译安装。
1.2 Naccess:
从 http://www.bioinf.manchester.ac.uk/naccess/ 下载 Naccess,但是需要给作者发邮件,然后获得解压密钥。解压完成之后,运行csh install.scr
(如果没有csh
命令,需要sudo apt install csh
安装csh
),如果安装 Naccess 报错,可以去看 README 文件,里面有给出解决办法(如下图所示):
1.3 PSI-BLAST:
PSI-BLAST的安装可见:http://t.csdnimg.cn/ZR0Tk
2. 下载和安装JET2:
2.1 下载:
从官网上下载JET2(http://www.lcqb.upmc.fr/JET2/package/,下载 JET2.zip
文件)。
2.2 安装:
将下载好的JET2.zip
文件进行解压,之后在 ~/.bachrc
中写入export JET2_PATH = path_of_JET2_HOME_directory
(path_of_JET2_HOME_directory
换成JET2所在的目录)。
2.3 测试:
根据 java -cp $JET2_PATH:$JET2_PATH/jet/extLibs/vecmath.jar jet.JET
运行JET2,如果可以运行,则安装成功。
2.4 示例步骤:
1). 新建目录,并将蛋白质的PDB文件放到该目录中;
2). 编辑 default.conf
配置文件,主要是修改安装的依赖程序(ClustalW,Naccess,PSI-BLAST)所在目录以及对应的数据库所在目录。
**3). 根据 **
java -cp $JET2_PATH:$JET2_PATH/jet/extLibs/vecmath.jar jet.JET -c <default.conf> -i <struct.pdb> -o `pwd` -p AVJC -r local -a 3 -d chain
运行JET2(其中<default.conf>
替换成default.conf
,<struct.pdb>
替换成目标蛋白的PDB文件
,pwd
替换成结果输出的目录
。)
3. 注意事项:
需要注意的是:PSI-BLAST默认使用的是nr
数据库,如果换成别的数据库,需要对 jet/JetAnalysis.java
进行修改后重新编译。
4. 参考:
[1]. http://www.lcqb.upmc.fr/JET2/JET2.html
[2]. http://www.lgm.upmc.fr/JET/JET.html
[3]. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1004580
[4]. http://www.clustal.org/download/current/
[5]. http://www.bioinf.manchester.ac.uk/naccess/
[6]. http://www.lcqb.upmc.fr/JET2/package/
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