基于R语言绘制-散点小提琴图

原文链接：R语言绘图 | 散点小提琴图

本期教程

写在前面

本期的图形来自发表在Nature期刊中的文章，这样的基础图形在日常分析中使用频率较高。

获得本期教程数据及代码，后台回复关键词：20240405

绘图

1. 设置路径

setwd("Your Path")

2. 导入所需R包

library(tidyverse)
library(readxl)
library(ggsci)
library(viridis)
library(RColorBrewer)

3. 导入数据

df_data <- read_excel("data_input.xlsx",sheet = "Sheet1")
df_data[1:10,1:3]

> df_data[1:10,1:3]
# A tibble: 10 × 3SampleID                     visit shannon<chr>                        <chr>   <dbl>1 s.10833.35.STL.374294        1M      1.42 2 s.10833.35.STL.433697        12M     3.10 3 s.10833.35.STL.370901        0-4D    4.16 4 IgramRun3.104.2.STL.V07.12mo 12M     3.82 5 s104.STL.V02.1mo             1M      1.98 6 s104.STL.V01.1.4d            0-4D    0.8627 s.10833.46.STL.372741        0-4D    0.8278 s.10833.46.STL.435681        12M     3.01 9 s.10833.46.STL.375471        1M      2.57 
10 IgramRun3.111.2.STL.V07.12mo 12M     2.26

4. 设置主题

theme_clean <- function(){theme_bw() %+replace%    theme(panel.grid = element_blank(),strip.background = element_blank())
}

5. 绘图

• 绘制基础图形

p1 <- ggplot(df_data,aes(x=visit, y=shannon, color=visit, fill=visit))+geom_violin()

• 添加散点

p2 <- p1 +geom_jitter(width = 0.2, size = 0.9)+scale_color_viridis(end = 0.8, discrete = T)

• 设置颜色

p3 <- p2 +scale_fill_viridis(end = 0.8, discrete = T, alpha = 0.5)

• 进一步参数修改

p3 + scale_y_continuous(limits = c(0,7))+guides(color="none")+theme_clean()+##'@labs(x="",y="Shannon diversity"

---

照葫芦画瓢-绘制箱线图

ggplot(df_data,aes(x=visit, y=shannon, color=visit, fill=visit))+geom_boxplot()

绘图全部代码

pdf("202405散点小提琴图.pdf",width = 6, height = 4)
ggplot(df_data,aes(x=visit, y=shannon, color=visit, fill=visit))+geom_violin()+##'@添加散点geom_jitter(width = 0.2, size = 0.9)+scale_color_viridis(end = 0.8, discrete = T)+##'@设置颜色scale_fill_viridis(end = 0.8, discrete = T, alpha = 0.5)+##'@设置Y轴坐标轴scale_y_continuous(limits = c(0,7))+guides(color="none")+theme_clean()+##'@labs(x="",y="Shannon diversity")dev.off()  

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小杜的生信筆記 ，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!!