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Amber 包含大量旨在帮助您进行化学系统计算研究的程序,而且发布的工具数量还在定期增加。 本节列出了 AmberTools 包含的主要程序。 这里列出了套件中包含的每个程序,并简要介绍了其主要功能,同时提供了相关文档参考。 对于大多数程序,在不带参数的情况下执行时会打印使用说明。
AddToBox: 用于向晶胞中添加溶剂分子的程序。参见第 20.3 小节。
amb2chm_par.py: 用于将 AMBER dat 和/或 frcmod 文件转换为 CHARMM PAR 文件的程序。参见第 15.2.4 小节。
amb2chm_psf_crd.py: 用于将 AMBER prmtop 和 inpcrd 文件转换为CHARMMPSF 和 CRD 文件的程序。参见第 15.2.4 小节。
amb2gro_top_gro.py: 将 AMBER prmtop 和 inpcrd 文件转换为 GROMACS top 和 gro 文件的程序。参见第 15.2.4 小节。
CartHess2FC.py: 利用 Seminario 方法根据笛卡尔黑森矩阵推导力常量的程序。参见第 18.2.5 小节。
car_too_files.py: 根据 car 文件生成 mol2 和 PDB 文件的程序。 参见第 18.2.8 小节。
ChBox: 用于更改 Amber 重启文件方框尺寸的程序。参见第 20.4 小节。
IPMach.py: 用于简化离子非键模型参数化的 python 程序。参见第 18.2.2 小节。
MCPB.py: 优化工作流程的 MCPB python 版本。见第 18.2.1 小节。
MMPBSA.py: 根据 MM/PBSA 近似法对轨迹进行后处理以计算结合自由能的程序。参见第 37 章。
mol2rtf.py: 将 mol2 文件转换为 CHARMM RTF 文件的程序。参见第 18.2.9 节。
OptC4.py: 优化蛋白质系统金属-位点-复合物中的 C4 项。参见第 18.2.4 小节。
PdbSearcher.py: 是 MTK++ 中 Pdbsearcher 程序的 python 版本。参见第 18.2.3 小节。
PropPDB: 传播 PDB 结构的程序。参见第 20.2 小节
ProScrs.py: 用于将蛋白质片段切割成簇并封顶的程序。参见第 18.2.7 小节。
UnitCell: 从 PDB 结构中重新创建晶体学单元格的程序。参见第 20.1 小节
am1bcc: 由 antechamber 调用的程序,用于在配体参数化过程中计算 AM1-BCC 电荷。 它可以作为独立程序使用,在输入不带参数的程序名时打印选项。参见第 16.3 节
ambpdb: 用于将 Amber 系统(prmtop 和 inpcrd/restart)转换为 PDB、MOL2 或 PQR 文件的程序。参见第 34.1 节
ante-MMPBSA.py: 用于为 MMPBSA 创建必要的、自一致的 prmtop 文件的程序,只需一个起始拓扑文件。参见第 37.2.2 小节
antechamber: 用于配体和其他小分子参数化的程序。参见第 16 章
atomtype: 由 antechamber 调用的程序,用于判断输入结构中的原子类型。 可作为独立程序使用。参见第 16.3 节
bar_pbsa.py: 该程序用于从炼金模拟中准备放电轨迹,以进行 BAR/PBSA 结合自由能分析。参见第 39 章
bondtype: 一个由 antechamber 调用的程序,用于判断给定输入结构中存在哪些类型的化学键。可作为独立程序使用。参见第 16.3 节
ceinutil.py: 用于创建恒定氧化还原电势输入(cein)文件的程序。参见第 27.1 节
cestats: 从恒氧化还原电位模拟中计算氧化还原状态统计数据的程序。 参见第
27.6
charmmlipid2amber.py: 用于将 CHARMM-GUI 脂质生成器创建的 PDB 转换为 Amber 和 AmberTools 程序可识别的 PDB 的脚本。
cpinutil.py: 用于创建恒定 pH 值输入 (cpin) 文件的程序。参见第 26.2 节
cpeinutil.py: 用于创建恒定 pH 值和氧化还原电位输入 (cpein) 文件的程序。参见第 27.1 节
cpptraj: 用于轨迹后处理和数据分析的通用程序。参见第 35 章
cphstats: 一个通过恒定 pH 值模拟计算质子化状态统计数据的程序。参见第 26.7 节
elsize: 用于估算给定输入结构的有效静电尺寸的程序。参见第 4.2.1 节
espgen: 一个由 antechamber 调用的程序,用于在配体或小分子参数化过程中生成 ESP 文件。
espgen.py: espgen 的 python 版本。参见第 18.2.6 小节。
finddgref.py: 用于自动查找恒定 pH 值和恒定氧化还原电位模拟所需的 Delta G 参考值的程序。参见第 26.5.1 小节
fixremdcouts.py: 该程序可对任何复制交换模拟(包括 MultiD-REMD)的 CPout 和/或 CEout 文件进行排序。见第 25.3.10.4 小节
fitpkaeo.py: 该程序可根据多个 CPout 或 CEout 文件的 cphstats 或 cestats 输出,自动拟合所有可滴定残基的 pKa 或标准氧化还原电位值。
ffgbsa: 一个计算 MM/GBSA 能量的程序,是 amberlite 软件包的一部分。
FEW.pl: 自由能计算自动化程序。参见第 38 章
gbnsr6: 计算基于表面积的广义博恩溶解自由能的程序。参见第 5 节
genremdinputs.py: 该程序用于生成任何 Replica Exchange 仿真(包括 MultiD-REMD)的输入文件(mdins、groupfile 和 remd-file)。参见第 25.3.3 小节
hcp_getpdb: 用于向拓扑文件 (prmtop) 添加必要部分的程序,以便用于 HCP GB 近似计算。参见第 42.6 节
makeANG_RST: 用于创建角度约束的程序,可与 sander 的 nmropt=1 工具配合使用。
makeCHIR_RST: 一个创建手性约束文件的程序,与 sander 的 nmropt=1 设备一起使用
makeDIP_RST.cyana: 根据 CYANA 中的偶极子信息制作限制文件的程序,与 sander 的 nmropt=1 设备一起使用。
makeDIST_RST: 一个利用 sander 的 nmropt=1 设备制作距离约束的程序。
mdgx: 一种显式溶剂 PME 分子动力学引擎。参见第 17 章
mdout_analyzer.py: 用于快速分析和绘制 sander/pmemd 输出文件数据的脚本。参见第 34 节
metalpdb2mol2.py: 用于将金属离子的 PDB 文件转换为 mol2 文件的脚本,特别适用于 MCPB.py 建模。参见第 18.2.10 小节
mm_pbsa.pl: 用于执行 MM/PBSA 计算的较旧 perl 脚本。建议新用户改用 MMPBSA.py。
mm_pbsa_statistics.pl: mm_pbsa.pl 的补充脚本,用于根据已完成的 mm_pbsa 计算结果计算 MM/PBSA 统计量。
mm_pbsa_nabnmode: 用于通过 mm_pbsa.pl 对生物分子进行最小化和常模分析的程序。
mmpbsa_py_energy: 这是一个 NAB 程序,用于使用 GB 或 PB 溶剂模型计算 MMPBSA 的能量。 它可以作为一个独立程序使用,模仿 sander 的 imin=5 功能,但会在 MMPBSA 内部自动调用。请参阅 MMPBSA mdin 文件作为该程序的示例输入文件。提供 -help 或 -hflags 会显示使用信息。
mmpbsa_py_nabnmode: ANAB 程序,用于计算 MMPBSA 的正常模式熵贡献。该程序实际上只能用于 MMPBSA。
molsurf: 根据输入的 PQR 文件和探针半径计算分子表面积的程序。
nab: 核酸生成器。NAB 实际上是一种编译器,它提供了一种松散地基于 C 的便捷分子编程语言。
nfe-umbrella-slice: 处理 NFE 模块中产生的偏置电位的程序。参见第 25.4.8 小节
nmode: 一个过时的程序,用于计算生物分子的法线模式。 我们鼓励您改用 NAB。参见第 42.2 节
packmol-memgen: 用于生成膜模拟系统的工作流程。参见 13.6
mdgx: 通过拟合量子数据改进力场参数。见第 17 章
parmchk2: 分析输入力场库文件(mol2 或 amber prep)并将相关参数提取到 frcmod: 文件中的程序。参见第 16.1.2 小节
parmed: 用于查询和处理 prmtop 文件的程序。见第 15.2 节
pbsa: 用于计算静电和非静电连续溶解自由能的程序。参见第
6
pbsa.cuda: pbsa 的 GPU 加速版本。参见第 6 章
pdb4amber: 用于准备 PDB 文件供 LEaP 使用的程序。参见第 13.4 节
pmemd: 一个性能和并行优化的动力学引擎,实现了 sander 功能的一个子集
pmemd.cuda: pmemd 的 GPU 加速版本
prepgen: 作为技术中心的一部分,用于生成 Amber 预处理文件。参见第 16.3 节
py_resp.py: 一个 Python 程序,扩展了祖先程序 resp 的功能。 参见第 19 章
pyresp_gen.py: 自动为 py_resp.py 生成输入文件的 Python 程序。参见第 19.1 节
pytraj: 绑定到 cpptraj 的 Python 程序。参见第 36 节
quik: GPU 加速的 abinitio 量子化学软件。参见第 9 章
reduce: 一个在 PDB 中添加或删除氢原子的程序。参见第 13.5 节
residuegen: 自动生成琥珀残基模板(即琥珀预处理文件)的程序。 参见
第 16.4.3 小节
respgen: 由 antechamber 调用的程序,用于生成 RESP 输入文件。参见第 16.3 节
rism1d: 1D-RISM 求解器。参见第 7.4 节
rism3d.snglpnt: 用于单点计算的 3D-RISM 求解器。参见第 7.6 节
**sander:**用于运行 Amber 分子模拟的主要引擎。最初是 Simulated Annealing with Nmr-Derived Energy Restraints 的缩写。
saxs_rism: 根据 3D-RISM 输出计算小(广)角 X 射线散射曲线的程序
saxs_md: 根据 MD 轨迹计算小(广)角 X 射线散射曲线的程序
sqm: 半经验(或独立)量子力学求解器。参见第 8 章
tleap: 使用特定设置命令行参数调用 teLeap 的脚本。参见第 14 章
xleap: 使用特定设置命令行参数调用 xaLeap 的脚本。参见第 14 章
xparmed: ParmEd 功能的图形前端(即参数文件编辑和查询)。 参见第15.2
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