当前位置: 首页 > news >正文

MINES

MINES

(m)6A (I)dentification Using (N)anopor(E) (S)equencing

Tombo(v1.4) 命令在 MINES 之前执行:

(仅在 fast5 文件中尚未包含 fastq 时需要)

tombo preprocess annotate_raw_with_fastqs --fast5-basedir /fast5_dir/ --fastq-filenames Fastqs --overwrite --processes #tombo resquiggle /fast5_dir/ REF.fa --overwrite --processes #tombo detect_modifications de_novo --fast5-basedirs /fast5_dir/ --statistics-file-basename Stats_Filenametombo text_output browser_files --fast5-basedirs /fast5_dir/ --statistics-filename Stats_Filename.tombo.stats --browser-file-basename output_filename --file-types coverage fraction

MINES 依赖项:

python                    3.7.0  
pandas                    0.23.4  
pybedtools                0.8.0  
numpy*                     1.16.4  
scikit-learn              0.19.2  
bedops                     2.4.35  

MINES 使用方法

将 Wig 文件转换为 Bed 文件。

wig2bed < output_filename.fraction_modified_reads.plus.wig > output_filename.fraction_modified_reads.plus.wig.bed

cDNA_MINES 示例:

python cDNA_MINES.py --fraction_modified output_filename.fraction_modified_reads.plus.wig.bed --coverage output_filename.coverage.plus.bedgraph --output m6A_output_filename.bed --ref REF.fa

genomic_MINES 示例:

python genomic_MINES.py --fraction_modified_plus output_filename.fraction_modified_reads.plus.wig.bed --coverage_plus output_filename.coverage.plus.bedgraph --coverage_minus output_filename.coverage.minus.bedgraph --fraction_modified_minus output_filename.fraction_modified_reads.minus.wig.bed --output m6A_output_filename.bed --ref REF.fa

输出文件格式(bed/tab 分隔):

chr,   start,   stop,    5-mer,   unique key,    strand,    fraction modified^,    coverage  

^fraction modified 是识别到的 m6A 位点的值。然而,该位置的值应谨慎使用,因为“A”位点被发现是甲基化的不良预测因子。

参考文件可以从以下链接下载:

hg19: http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/ File: hg19.fa.gz 然后运行 gunzip。  
cDNA: ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-91/fasta/homo_sapiens/cdna/  File: Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa.gz 然后运行 gunzip。

相关文章:

MINES

MINES (m)6A (I)dentification Using (N)anopor(E) (S)equencing Tombo(v1.4) 命令在 MINES 之前执行&#xff1a; &#xff08;仅在 fast5 文件中尚未包含 fastq 时需要&#xff09; tombo preprocess annotate_raw_with_fastqs --fast5-basedir /fast5_dir/ --fastq-file…...

H.265流媒体播放器EasyPlayer.js H5流媒体播放器关于如何查看手机端的日志信息并保存下来

现今流媒体播放器的发展趋势将更加多元化和个性化。人工智能的应用将深入内容创作、用户体验优化等多个方面&#xff0c;带来前所未有的个性化体验。 EasyPlayer.js H.265流媒体播放器属于一款高效、精炼、稳定且免费的流媒体播放器&#xff0c;可支持多种流媒体协议播放&#…...

uni-app快速入门(十一)--常用JS API(上)

在前面学习了uni-app的布局、组件、路由等知识点以后&#xff0c;还要掌握uni-app的JS API ,也可以理解为基于uni-app的java script。本节介绍uni-app的request请求、文件上传、数据缓存、获取位置、获取系统信息、获取手机的网络状态、拨打电话API。 一、request请求 使用uni…...

Flink任务提交到yarn上slot数量为0的问题

现象&#xff1a;Flink提交到yarn上slot数量为0的问题 解决方法&#xff1a; 参考论坛上的方案&#xff0c;修改flink-conf.yaml文件都不管用 最终解决方法&#xff1a; $FLINK_HOME/lib 路径下有2个非.jar结尾的文件&#xff0c;把这几个文件移走之后&#xff0c;再启就可…...

vue3怎么根据字符串获取组件实例

例子&#xff1a; 我在使用vue2开发的时候&#xff0c;定义了一个方法 handler(strRef){ this.$refs[strRef].innerText hello world }&#xff0c; 我在点击某个按钮的时候&#xff0c;调用了方法handler&#xff0c;传递了一个参数是字符串 condition&#xff0c;然后方法…...

ISUP协议视频平台EasyCVR私有化视频平台新能源汽车充电停车管理方案的创新与实践

在环保意识提升和能源转型的大背景下&#xff0c;新能源汽车作为低碳出行的选择&#xff0c;正在全球迅速推广。但这种快速增长也引发了充电基础设施短缺和停车秩序混乱等挑战&#xff0c;特别是在城市中心和人口密集的居住区&#xff0c;这些问题更加明显。因此&#xff0c;开…...

智领未来: 宏集物联网HMI驱动食品与包装行业迈向智能化新高度

行业现状与挑战 食品与包装行业对设备的自动化、智能化水平要求日益提高&#xff0c;特别是瓶装和灌装生产线需要实现高速、高效的生产。此外&#xff0c;该行业还需遵循严格的卫生标准和安全规范&#xff0c;以保证产品质量符合消费者需求。在提高生产效率的同时&#xff0c;…...

redis-击穿、穿透、雪崩

击穿、穿透、雪崩经常听人说吧&#xff1f; 那他到底是啥呢&#xff1f;无非就是在有缓存层的情况下&#xff0c;对各种绕过缓存层从而直接落到了DB上的情况进行的分类。 概念性的东西大概如下&#xff0c;我是记不住&#xff0c;后期具体使用与规避这些问题才是大事&#xff…...

【Redis】服务器异常重启,导致redis启动失败

redis启动失败日志提示信息&#xff1a;Bad file format reading the append only file: make a backup of your AOF file, then use ./redis-check-aof --fix <filename> 错误日志示例图&#xff08;看最后一句&#xff09; 错误原因解析 这个错误通常是由于Redis的…...

Springboot+Vue的项目搭建(三)

一、拦截器 拦截器&#xff08;Interceptor&#xff09;是一种重要的软件设计模式&#xff0c;它在程序执行过程中能够拦截或截取特定的操作或事件&#xff0c;并在操作发生之前、之后或替代操作本身进行自定义的处理。以下是对拦截器知识点的详细归纳&#xff1a; 拦截器的定…...

【Word】一键批量引用论文上标——将正文字体改为上标格式

【Word】一键批量引用论文上标——将正文字体改为上标格式 写在最前面Word一键批量引用论文上标技巧分享核心思路&#xff1a;Word 替换功能 通配符步骤详解1. 打开 Word 替换功能2. 输入通配符模式3. 设置替换格式为上标4. 批量替换 实际效果展示技巧扩展 &#x1f308;你好呀…...

DAY1 网络编程(TCP客户端服务器)

作业&#xff1a; TCP客户端服务器。 server服务器代码&#xff1a; #include <myhead.h> #define IP "192.168.110.52" #define PORT 8886 #define BACKLOG 20 int main(int argc, const char *argv[]) {int oldfdsocket(AF_INET,SOCK_STREAM,0);//IPV4通信…...

如何在Ubuntu当中利用CloudCompare软件进行点云配准拼接?

1.首先需要安装相应的cloudcompare软件&#xff0c;以下有两种方式&#xff1a;第一种直接在ubuntu的软件商店里搜索CloudCompare软件进行install&#xff0c;我这里已经安装完毕。 方式二&#xff1a;可以直接原码安装&#xff1a; github地址&#xff1a; https://github.co…...

AWTK 最新动态:支持鸿蒙系统(HarmonyOS Next)

HarmonyOS是全球第三大移动操作系统&#xff0c;有巨大的市场潜力&#xff0c;在国产替代的背景下&#xff0c;机会多多&#xff0c;AWTK支持HarmonyOS&#xff0c;让AWTK开发者也能享受HarmonyOS生态的红利。 AWTK全称为Toolkit AnyWhere&#xff0c;是ZLG倾心打造的一套基于C…...

vue数据变化但页面不变

记录一下vue中数据变了 但是页面没有变化的几种情况和解决办法 情况一&#xff1a;vue无法检测实例不存在于data中的变量 原因&#xff1a;由于 Vue 会在初始化实例时对data中的数据执行getter/setter转化&#xff0c;所以变量必须在data对象上存在才能让Vue将它转化成响应式…...

Leetcode128. 最长连续序列(HOT100)

链接 第一次错误提交&#xff1a; class Solution { public:int longestConsecutive(vector<int>& nums) {int n nums.size();int res 0;sort(nums.begin(),nums.end());//第一次错误写作&#xff1a;sort(nums,numsn);nums是std::vector<int>类型&#xf…...

【阅读笔记】Dense trajectories and motion boundary descriptors for action recognition

论文地址&#xff1a;Dense Trajectories and Motion Boundary Descriptors for Action Recognition | International Journal of Computer Vision 如何用一句话描述这份工作&#xff1f;&#x1f4a1; 在多个尺度上&#xff0c;对视频序列中每一帧的密集网格上的特征点采样&a…...

React 远程仓库拉取项目部署,无法部署问题

项目场景&#xff1a; 提示&#xff1a;相关背景&#xff1a; React 远程仓库拉取项目部署&#xff0c;二次开发 问题描述 提示&#xff1a;项目中遇到的问题&#xff1a; React 远程仓库拉取项目部署&#xff0c;正确安装依赖后&#xff08;开发混乱&#xff0c;造成packg…...

CSS3新特性——字体图标、2D、3D变换、过渡、动画、多列布局

目录 一、Web字体 二、字体图标 三、2D变换 1.位移 &#xff08;1&#xff09;浮动 &#xff08;2&#xff09;相对定位 &#xff08;3)绝对定位和固定定位 &#xff08;4&#xff09;位移 用位移实现盒子的水平垂直居中 2.缩放 利用缩放调整字体到12px以下&#xff…...

前端反向代理的配置和實現

反向代理是位於客戶端和服務器之間的一個中間層&#xff0c;它代表客戶端向伺服器發起請求&#xff0c;然後將伺服器的回應返回給客戶端。與傳統的正向代理不同&#xff0c;反向代理是由伺服器端配置的&#xff0c;客戶端通常不知道它的存在。在前端開發中&#xff0c;反向代理…...

【杂谈】-递归进化:人工智能的自我改进与监管挑战

递归进化&#xff1a;人工智能的自我改进与监管挑战 文章目录 递归进化&#xff1a;人工智能的自我改进与监管挑战1、自我改进型人工智能的崛起2、人工智能如何挑战人类监管&#xff1f;3、确保人工智能受控的策略4、人类在人工智能发展中的角色5、平衡自主性与控制力6、总结与…...

java_网络服务相关_gateway_nacos_feign区别联系

1. spring-cloud-starter-gateway 作用&#xff1a;作为微服务架构的网关&#xff0c;统一入口&#xff0c;处理所有外部请求。 核心能力&#xff1a; 路由转发&#xff08;基于路径、服务名等&#xff09;过滤器&#xff08;鉴权、限流、日志、Header 处理&#xff09;支持负…...

Spark 之 入门讲解详细版(1)

1、简介 1.1 Spark简介 Spark是加州大学伯克利分校AMP实验室&#xff08;Algorithms, Machines, and People Lab&#xff09;开发通用内存并行计算框架。Spark在2013年6月进入Apache成为孵化项目&#xff0c;8个月后成为Apache顶级项目&#xff0c;速度之快足见过人之处&…...

突破不可导策略的训练难题:零阶优化与强化学习的深度嵌合

强化学习&#xff08;Reinforcement Learning, RL&#xff09;是工业领域智能控制的重要方法。它的基本原理是将最优控制问题建模为马尔可夫决策过程&#xff0c;然后使用强化学习的Actor-Critic机制&#xff08;中文译作“知行互动”机制&#xff09;&#xff0c;逐步迭代求解…...

大型活动交通拥堵治理的视觉算法应用

大型活动下智慧交通的视觉分析应用 一、背景与挑战 大型活动&#xff08;如演唱会、马拉松赛事、高考中考等&#xff09;期间&#xff0c;城市交通面临瞬时人流车流激增、传统摄像头模糊、交通拥堵识别滞后等问题。以演唱会为例&#xff0c;暖城商圈曾因观众集中离场导致周边…...

大语言模型如何处理长文本?常用文本分割技术详解

为什么需要文本分割? 引言:为什么需要文本分割?一、基础文本分割方法1. 按段落分割(Paragraph Splitting)2. 按句子分割(Sentence Splitting)二、高级文本分割策略3. 重叠分割(Sliding Window)4. 递归分割(Recursive Splitting)三、生产级工具推荐5. 使用LangChain的…...

Mac软件卸载指南,简单易懂!

刚和Adobe分手&#xff0c;它却总在Library里给你写"回忆录"&#xff1f;卸载的Final Cut Pro像电子幽灵般阴魂不散&#xff1f;总是会有残留文件&#xff0c;别慌&#xff01;这份Mac软件卸载指南&#xff0c;将用最硬核的方式教你"数字分手术"&#xff0…...

sqlserver 根据指定字符 解析拼接字符串

DECLARE LotNo NVARCHAR(50)A,B,C DECLARE xml XML ( SELECT <x> REPLACE(LotNo, ,, </x><x>) </x> ) DECLARE ErrorCode NVARCHAR(50) -- 提取 XML 中的值 SELECT value x.value(., VARCHAR(MAX))…...

04-初识css

一、css样式引入 1.1.内部样式 <div style"width: 100px;"></div>1.2.外部样式 1.2.1.外部样式1 <style>.aa {width: 100px;} </style> <div class"aa"></div>1.2.2.外部样式2 <!-- rel内表面引入的是style样…...

Spring数据访问模块设计

前面我们已经完成了IoC和web模块的设计&#xff0c;聪明的码友立马就知道了&#xff0c;该到数据访问模块了&#xff0c;要不就这俩玩个6啊&#xff0c;查库势在必行&#xff0c;至此&#xff0c;它来了。 一、核心设计理念 1、痛点在哪 应用离不开数据&#xff08;数据库、No…...