在线绘制Nature Communication同款双色、四色火山图，突出感兴趣的基因

导读：火山图通常使用三种颜色分别表示显著上调，显著下调和不显著。通过为特定的数据点添加另一种颜色，可以创建双色或四色火山图，从而更直观地突出感兴趣的数据点。

《Nature Communication》文章“Molecular and functional landscape of malignant serous effusions for precision oncology”fig 4C的双色火山图中，点的颜色不再表示上调或者下调，而用深红色表示GO条目“DNA conformation change” (GO:0071103) 中的基因，灰色表示其他基因。

1，打开作图URL

微生信-在线绘制两种颜色或者四种颜色的火山图

2，示例数据

点击图片上方的示例数据，下载，并使用excel打开。

示例数据包括两部分

第一部分是所有点的数据（左侧）：

第1列是点对应的名字，例如基因（必需唯一）

第2列是log2foldchange

第3列是p值或者FDR值

第二部分是待标注的点的名字（右侧）：

名字来自第一部分的第一列，即需要特别关注的数据点的名字（中文提示不用拷贝）

3，输入检查

示例数据：点击输入框下面的“示例”按钮，将载入示例数据。

真实数据：数据放在excel中，调整好后，Ctrl+A选中数据，Ctrl+C拷贝，Ctrl+V粘贴数据到输入框中。

然后使用输入框下面的“输入检查”按钮先对输入数据进行检查。若检查不通过，请根据检查提示重复【修改-输入检查】步骤，直到检查通过（如下图所示），然后可以继续选择参数。

注：输入检查是新加功能，它会根据不同模块的输入要求，逐行逐列检查输入数据，并给出提示，确保数据符合模块输入要求。

4，选择参数

图片大小：设置了图片的宽度，图片的高度

是否标注感兴趣基因的名字：标注名字或者不标注名字，建议点少的话标注，点多的话不标注

字体大小：设置了轴说明文字字体大小，及轴刻度文字字体大小，图例标题字体大小，图例文字字体大小，以及点上标注名字的字体大小

颜色：设置了4种颜色。感兴趣点的颜色，上调点的颜色，下调点的颜色和不显著点的颜色。若上调、下调、不显著设置为同一种颜色，则最终绘制双色火山图。若设置4种颜色均不同，则最终绘制四色火山图。

颜色代表的类别名：分别对应4种颜色。感兴趣点的名字，上调点的名字，下调点的名字和不显著点的名字。若绘制双色火山图，则仅前两个名字起作用；若绘制四色火山图，4个框的名字都需要填写。

点大小：设置了感兴趣点的大小，和其他点的大小，以及点的透明度。

X/Y轴范围：

Y轴范围根据数据中p值来确定，若存在0，或者几个很高的孤立的点，可以通过设置p的最小值，将点拉下来，即小于该值的p值被强行拉成该值。例如有一个点X的p值是1e-80（点在Y轴80的地方），而其他所有点都是1e-20以上（点在Y轴20以下），那么可以设置该值为1e-21，把点X强行拉到1e-21附近。这样图片上不会有一个很孤立的点，保持图片美观度。

X轴范围：若都留空则后台根据数据范围自动设置X轴范围；若都有数值，则根据提供的数值设置X轴范围。

阈值：p阈值代表水平线。Fc阈值代表两条垂直线，默认是fc，所以必须>=1

轴说明：X轴说明文字，其中log2()是后台自动添加；Y轴说明文字，其中-log10()是后台自动添加，可以使用acrobat illustrator进行调整

字体：设置了期刊杂志中最常用的两种字体：Times New Roman和Arial。如需使用其他字体，可以下载pdf或者svg图片，然后使用acrobat illustrator进行编辑

5，提交出图

检查通过，并且参数选好后，点击“提交”按钮，约5s后，会在页面上右侧显示双色或四色火山图。我们提供了pdf、svg两种矢量图，png、tiff两种标量图供大家下载使用。可以使用acrobat illustrator等软件编辑矢量图，进行组图，调整文字位置，添加说明等操作，以满足个性化需求。

下图为双色火山图（不标名字）。

注意：选择标注名字时，如果点很密，则后台仅会标注比较离散的点，不会全部标注。

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